PDB-1dvo: THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF FINO, A REPRESSOR OF BACTERIAL CON...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dvo

タイトル

THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF FINO, A REPRESSOR OF BACTERIAL CONJUGATION

要素

FERTILITY INHIBITION PROTEIN O

キーワード

TRANSCRIPTION / Repressor / Bacterial Conjugation

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ghetu, A.F. / Gubbins, M.J. / Frost, L.S. / Glover, J.N.M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the bacterial conjugation repressor finO.
著者: Ghetu, A.F. / Gubbins, M.J. / Frost, L.S. / Glover, J.N.

履歴

登録	2000年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dvo.cif.gz	46.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dvo.ent.gz	32.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/1dvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/1dvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5gnj-3 5gnj-4 2e7c-d 6a3v-5 47 1xn9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FERTILITY INHIBITION PROTEIN O

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.570, 38.726, 145.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FERTILITY INHIBITION PROTEIN O / FINO 分子量: 17374.115 Da / 分子数: 1 / 変異: L124M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29367
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.58 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MES, Tris, EDTA, BME, NaCl, PEG4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 6.5
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	150 mM		1	drop	NaCl
3	50 mM	MES	1	drop
4	0.1 %(v/v)	beta-mercaptoethanol	1	drop
5	1 mM	EDTA	1	drop
6	12 %	PEG4000	1	reservoir
7	50 mM	Tris-HCl	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	NSLS	X12C	1	0.979
シンクロトロン	APS	14-BM-D	2	0.9574

検出器

タイプ	ID	検出器
BRANDEIS - B1	1	CCD
ADSC QUANTUM 4	2	CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9574	1

反射

解像度: 2→20 Å / Num. all: 109290 / Num. obs: 14726 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 16.767 Å² / R_merge(I) obs: 0.047

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.109 / Num. unique all: 853 / % possible all: 87

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 87 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
CNS	0.9	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	1475	-
R_work	0.197	-	-
all	-	14726	-
obs	-	14726	97.3 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1219	0	0	209	1428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.35
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_deg	0.009

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 24.1 Å²

拘束条件

*PLUS

タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.009

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.234 / R_factor R_work: 0.204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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