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- PDB-2e25: The Crystal Structure of the T109S mutant of E. coli Dihydroorota... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2.0E+25
タイトルThe Crystal Structure of the T109S mutant of E. coli Dihydroorotase complexed with an inhibitor 5-fluoroorotate
要素Dihydroorotase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotase homodimeric type / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Amidohydrolase family / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FOT / Dihydroorotase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Structure of the T109S mutant of Escherichia coli dihydroorotase complexed with the inhibitor 5-fluoroorotate: catalytic activity is reflected by the crystal form
著者: Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.
履歴
登録2006年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0624
ポリマ－38,7571
非ポリマー3053
水18010
1
A: Dihydroorotase
ヘテロ分子

A: Dihydroorotase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1248
ポリマ－77,5142
非ポリマー6106
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.610, 72.610, 176.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The second monomer of the biological dimer is generated by the two fold axis: y, z, -x.

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotase / DHOase


分子量: 38757.055 Da / 分子数: 1 / 変異: T109S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRC / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X7014a / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FOT / 5-FLUORO-2,6-DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / 5-FLUOROOROTIC ACID


分子量: 174.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H3FN2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 14% PEG 3350, 0.1M MES, 75mM MgCl2, 0.15M KCl, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 16140 / % possible obs: 60.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 73.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 462 / % possible all: 38.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XGE chain A

1xge


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 26.5 / SU ML: 0.273 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25677 490 4.7 %RANDOM
Rwork0.21838 ---
obs0.22023 10367 75.8 %-
all-13623 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.59 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.307 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2693 0 14 10 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9321.963758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69535803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3465342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.84123.462130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95215443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4011522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1560.22667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.21592
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.265
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0720.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0570.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1840.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.30742217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4344687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.05562779
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88741189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9196979
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 8 -
Rwork0.187 281 -
obs-281 29.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.4207 Å / Origin y: 23.4841 Å / Origin z: 13.5678 Å
111213212223313233
T0.1745 Å2-0.3773 Å20.0389 Å2-0.2625 Å20.0126 Å2---0.0401 Å2
L2.9144 °2-1.0743 °20.0253 °2-2.7729 °20.6586 °2--3.747 °2
S-0.231 Å °-0.2755 Å °-0.1253 Å °0.2879 Å °0.2376 Å °0.0344 Å °-0.4517 Å °-0.9982 Å °-0.0066 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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