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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dzb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dihydropteroate Synthase from Thermus thermophilus HB8 in complex with 6HMPPP | ||||||
要素 | Dihydropteroate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Dihydropteroate Synthase / Dimer / 6HMPPP / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Dihydropteroate Synthase (FolP) from Thermus thermophilus HB8 著者: Bagautdinov, B. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dzb.cif.gz | 116.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dzb.ent.gz | 89.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dzb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/2dzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/2dzb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a dimer and probably identical to the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31897.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: FolP / プラスミド: pET 11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLV2, dihydropteroate synthase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.8 詳細: PEG 20K, Mes, NaOH, 6HMPPP, pH 5.8, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 48314 / Num. obs: 46124 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 33.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique all: 4425 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 92.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2DQW 解像度: 1.9→39.91 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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