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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dyv | ||||||
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タイトル | Helicobacter pylori formamidase AmiF contains a fine-tuned cysteine-glutamate-lysine catalytic triad | ||||||
![]() | Formamidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Formamidase / AmiF / CEK / catalytic triad / Helicobacter pylori / aliphatic amidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() formamidase / formamidase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, W.C. / Hung, C.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Helicobacter pylori formamidase AmiF reveals a cysteine-glutamate-lysine catalytic triad 著者: Hung, C.-L. / Liu, J.-H. / Chiu, W.-C. / Huang, S.-W. / Hwang, J.K. / Wang, W.-C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37330.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.15M potassium thiocyanate, 20% polyethylene glycol 550 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 37511 / Num. obs: 39689 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 3.7 % |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2DYU 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.066 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.461 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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