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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dy0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of project JW0458 from Escherichia coli | ||||||
要素 | Adenine phosphoribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / structural genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Shimizu, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of JW0458 from Escherichia coli 著者: Shimizu, K. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dy0.cif.gz | 95.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dy0.ent.gz | 69.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dy0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dy0_validation.pdf.gz | 437.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dy0_full_validation.pdf.gz | 442.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2dy0_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dy0_validation.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/2dy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/2dy0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1zn9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20400.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K12, W3110 / 解説: cell free / プラスミド: px060316-06 / 参照: UniProt: P69503, adenine phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbach / pH: 8.5 詳細: 30 w/v(%) PEG 4000, 0.1M Tris, 0.2M Mg Chlor , pH 8.5, Microbach, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月6日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→40 Å / Num. all: 88230 / Num. obs: 88230 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.207 / % possible all: 91.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB code 1ZN9 解像度: 1.25→35 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 707686.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.533 Å2 / ksol: 0.342346 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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