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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dvp | ||||||
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タイトル | Structure of NTPase from Pyroccous horikoshii | ||||||
要素 | Hypothetical protein PH1917 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / NTPase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 XTP/dITP diphosphatase / purine nucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lokanath, N.K. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structures of dimeric nonstandard nucleotide triphosphate pyrophosphatase from Pyrococcus horikoshii OT3: functional significance of interprotomer conformational changes 著者: Lokanath, N.K. / Pampa, K.J. / Takio, K. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dvp.cif.gz | 51.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dvp.ent.gz | 36.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dvp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dvp_validation.pdf.gz | 421.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dvp_full_validation.pdf.gz | 423.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2dvp_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dvp_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/2dvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/2dvp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21233.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O59580 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 / 詳細: NaCl, acetate, pH 4.6, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 17606 / Num. obs: 16658 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V7R 解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 7.199 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 32.5052 Å / Origin y: 41.6165 Å / Origin z: 39.0135 Å
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