[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5wtu: Crystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphor... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wtu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphorothioation | ||||||
![]() | DNA sulfur modification protein DndE | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / phosphorothioation | ||||||
Function / homology | DNA sulphur modification protein DndE / DNA sulphur modification protein DndE / DNA sulphur modification protein DndE superfamily / DNA sulphur modification protein DndE / Arc Repressor Mutant / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DNA sulfur modification protein DndE![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yao, P. / Liu, Y. / Wang, C. / Cao, C. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphorothioation Authors: Yao, P. / Liu, Y. / Wang, C. / Cao, C. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 165.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 133.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 443.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 12690.828 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 1-110 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.58 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 2.0 M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 3, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 9087 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 32212 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 2.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 46.928 / SU ML: 0.399 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.486 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.74 Å2 / Biso mean: 42.31 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→50.01 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.904→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|