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Yorodumi- PDB-5wtu: Crystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphor... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wtu | ||||||
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Title | Crystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphorothioation | ||||||
Components | DNA sulfur modification protein DndE | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / phosphorothioation | ||||||
Function / homology | DNA sulphur modification protein DndE / DNA sulphur modification protein DndE / DNA sulphur modification protein DndE superfamily / DNA sulphur modification protein DndE / Arc Repressor Mutant / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DNA sulfur modification protein DndE Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Yao, P. / Liu, Y. / Wang, C. / Cao, C. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphorothioation Authors: Yao, P. / Liu, Y. / Wang, C. / Cao, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wtu.cif.gz | 165.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wtu.ent.gz | 133.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wtu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wtu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12690.828 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 1-110 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: ACU90_25985 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0N8J336 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 2.0 M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 3, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 9087 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 32212 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 46.928 / SU ML: 0.399 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.486 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.74 Å2 / Biso mean: 42.31 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→50.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.904→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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