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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dv6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of nitrite reductase from Hyphomicrobium denitrificans | ||||||
要素 | Nitrite reductase銅含有亜硝酸還元酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nitrite (亜硝酸塩) / electron transfer (電子移動反応) / reduction / denitrification (脱窒) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) / : / nitrite reductase (NO-forming) activity / copper ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Nojiri, M. / Xie, Y. / Yamamoto, T. / Inoue, T. / Suzuki, S. / Kai, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007 タイトル: Structure and function of a hexameric copper-containing nitrite reductase. 著者: Nojiri, M. / Xie, Y. / Inoue, T. / Yamamoto, T. / Matsumura, H. / Kataoka, K. / Deligeer / Yamaguchi, K. / Kai, Y. / Suzuki, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dv6.cif.gz | 523.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dv6.ent.gz | 423.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dv6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/2dv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/2dv6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1kbwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48221.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア) 株: A3151 参照: UniProt: Q8KKH4, 亜硝酸レダクターゼ (NO形成) #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG4000, potassium thiocyanate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月19日 |
放射 | モノクロメーター: double crystals Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→48.59 Å / Num. all: 195178 / Num. obs: 195178 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1kbw 解像度: 2.2→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.9 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.525 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.202→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
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