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- PDB-2dt8: Fatty Acid Binding of a DegV family Protein from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dt8
タイトルFatty Acid Binding of a DegV family Protein from Thermus thermophilus
要素DegV family protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Fatty Acid Binding / DegV / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / DegV family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Rehse, P.H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Fatty Acid Binding of a DegV family Protein from Thermus thermophilus
著者: Rehse, P.H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DegV family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3104
ポリマ－30,8961
非ポリマー4143
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.548, 36.969, 81.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.065, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DegV family protein / Fatty Acid Binding Protein


分子量: 30895.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PEt11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SJQ7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG 3350, 0.05M Zn Acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9791, 0.9000, 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月17日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.91
30.97941
Reflection

Av σ(I) over netI: 14.6 / 数: 176471 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 1.47 / D res high: 1.61 Å / D res low: 42.11 Å / Num. obs: 61936 / % possible obs: 97.4 / 冗長度: 2.82 %

ID
1
2
3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
3.4742.1197.410.0223.092.69857
2.753.4798.910.0282.152.84175
2.42.7598.510.0351.552.8797
2.192.498.710.041.392.86103
2.032.1997.410.0461.292.88100
1.912.0397.410.061.132.8795
1.811.9197.610.0791.062.8736
1.731.8197.510.1071.062.8744
1.671.7397.310.1321.072.8733
1.611.6792.910.1491.012.6121
3.4742.1197.420.0223.092.69857
2.753.4798.920.0282.152.84175
2.42.7598.520.0351.552.8797
2.192.498.720.041.392.86103
2.032.1997.420.0461.292.88100
1.912.0397.420.061.132.8795
1.811.9197.620.0791.062.8736
1.731.8197.520.1071.062.8744
1.671.7397.320.1321.072.8733
1.611.6792.920.1491.012.6121
3.4742.1197.430.0223.092.69857
2.753.4798.930.0282.152.84175
2.42.7598.530.0351.552.8797
2.192.498.730.041.392.86103
2.032.1997.430.0461.292.88100
1.912.0397.430.061.132.8795
1.811.9197.630.0791.062.8736
1.731.8197.530.1071.062.8744
1.671.7397.330.1321.072.8733
1.611.6792.930.1491.012.6121
反射解像度: 1.48→42.11 Å / Num. obs: 41410 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.779 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 1.47 / Net I/σ(I): 12.6 / Scaling rejects: 1561
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. measured all: 15368 / Num. unique all: 5881 / Χ2: 1.01 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK7.1SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.48→42.11 Å / FOM work R set: 0.899 / Isotropic thermal model: throughout / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.197 2079 random
Rwork0.173 --
all0.173 41406 -
obs0.173 41406 -
原子変位パラメータBiso mean: 13.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.689 Å20 Å21.048 Å2
2---2.232 Å20 Å2
3---0.543 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2168 0 25 332 2525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007272
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3675
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.76743
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95835
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 41

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.48-1.490.233390.206907946
1.49-1.50.248580.212924982
1.5-1.520.244380.208901939
1.52-1.530.223630.1949501013
1.53-1.550.266460.196938984
1.55-1.560.183620.178928990
1.56-1.580.195470.181942989
1.58-1.590.212510.1859691020
1.59-1.610.235490.182928977
1.61-1.620.242480.1789531001
1.62-1.640.254480.1829761024
1.64-1.660.199520.182944996
1.66-1.680.215480.166919967
1.68-1.70.162600.1659661026
1.7-1.720.178590.161937996
1.72-1.750.223560.1769891045
1.75-1.770.255540.174912966
1.77-1.790.168460.17952998
1.79-1.820.223470.1789681015
1.82-1.850.194450.162948993
1.85-1.880.173510.1579741025
1.88-1.910.248410.1729671008
1.91-1.950.176490.1689641013
1.95-1.980.12450.1489671012
1.98-2.030.207500.1689511001
2.03-2.070.177400.1699971037
2.07-2.120.265390.175954993
2.12-2.170.196600.1649641024
2.17-2.230.15540.1679631017
2.23-2.290.147500.1599901040
2.29-2.370.205510.17932983
2.37-2.450.166620.1649951057
2.45-2.550.154490.1669661015
2.55-2.670.157480.1719841032
2.67-2.810.203650.1789711036
2.81-2.980.213550.1849611016
2.98-3.210.221550.1689791034
3.21-3.540.185550.1689831038
3.54-4.050.182500.15810021052
4.05-5.10.207520.179931045
5.1-42.110.236420.20810191061

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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