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Yorodumi- PDB-2dt8: Fatty Acid Binding of a DegV family Protein from Thermus thermophilus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2dt8 | ||||||
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Title | Fatty Acid Binding of a DegV family Protein from Thermus thermophilus | ||||||
Components | DegV family protein | ||||||
Keywords | LIPID BINDING PROTEIN / Fatty Acid Binding / DegV / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.48 Å | ||||||
Authors | Rehse, P.H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Fatty Acid Binding of a DegV family Protein from Thermus thermophilus Authors: Rehse, P.H. / Yokoyama, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2dt8.cif.gz | 73.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2dt8.ent.gz | 56.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2dt8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/2dt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/2dt8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30895.689 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Plasmid: PEt11A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 (DE3) / References: UniProt: Q5SJQ7 |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-PLM / |
#4: Chemical | ChemComp-GOL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 10% PEG 3350, 0.05M Zn Acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B2 / Wavelength: 0.9791, 0.9000, 0.9794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 17, 2005 / Details: Mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Av σ(I) over netI: 14.6 / Number: 176471 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 1.47 / D res high: 1.61 Å / D res low: 42.11 Å / Num. obs: 61936 / % possible obs: 97.4 / Redundancy: 2.82 %
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.48→42.11 Å / Num. obs: 41410 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.779 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 1.47 / Net I/σ(I): 12.6 / Scaling rejects: 1561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.48→1.53 Å / Redundancy: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. measured all: 15368 / Num. unique all: 5881 / Χ2: 1.01 / % possible all: 94.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.48→42.11 Å / FOM work R set: 0.899 / Isotropic thermal model: throughout / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 13.323 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.48→42.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 41
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