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万見
- PDB-2ds2: Crystal structure of mabinlin II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ds2
タイトルCrystal structure of mabinlin II
要素
  • Sweet protein mabinlin-2 chain A
  • Sweet protein mabinlin-2 chain B
キーワードPLANT PROTEIN / SEED STORAGE PROTEIN / SWEET PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能
Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Sweet protein mabinlin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Capparis masaikai (植物)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Li, D.F. / Zhu, D.Y. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Mabinlin II: a novel structural type of sweet proteins and the main structural basis for its sweetness.
著者: Li, D.F. / Jiang, P. / Zhu, D.Y. / Hu, Y. / Max, M. / Wang, D.C.
履歴
登録2006年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sweet protein mabinlin-2 chain A
B: Sweet protein mabinlin-2 chain B
C: Sweet protein mabinlin-2 chain A
D: Sweet protein mabinlin-2 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0655
ポリマ－25,0054
非ポリマー601
水2,252125
1
A: Sweet protein mabinlin-2 chain A
B: Sweet protein mabinlin-2 chain B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5032
ポリマ－12,5032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5450 Å2
手法PISA
2
C: Sweet protein mabinlin-2 chain A
D: Sweet protein mabinlin-2 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5633
ポリマ－12,5032
非ポリマー601
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.110, 51.080, 47.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Sweet protein mabinlin-2 chain A / Mabinlin II / MAB II


分子量: 4174.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Capparis masaikai (植物) / 組織: SEED / 参照: UniProt: P30233
#2: タンパク質 Sweet protein mabinlin-2 chain B / Mabinlin II / MAB II


分子量: 8327.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Capparis masaikai (植物) / 組織: SEED / 参照: UniProt: P30233
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.5 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: SODIUM MALONATE, SODIUM ACETATE , pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月25日
放射モノクロメーター: CON-FOCUSE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20.5 Å / Num. obs: 17686 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CRYSTALCLEARデータ収集
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→20.35 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1641 -RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 16657 93.6 %-
all-17686 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 0 129 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.029
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 230 -
Rwork0.374 --
obs--77.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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