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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dry | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the earthworm lectin C-terminal domain mutant | ||||||
![]() | 29-kDa galactose-binding lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / EARTHWORM LUMBRICUS TERRESTRIS / SIALIC ACID / GALACTOSE / IN VITRO EVOLUTION / BETA-TREFOIL FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Suzuki, R. / Fujimoto, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tailoring a novel sialic acid-binding lectin from a ricin-B chain-like galactose-binding protein by natural evolution-mimicry 著者: Yabe, R. / Suzuki, R. / Kuno, A. / Fujimoto, Z. / Jigami, Y. / Hirabayashi, J. #1: ![]() タイトル: Sugar complex structures of the galactose-binding lectin EW29 C-half domain from the earthworm Lumbricus terrestris 著者: Suzuki, R. / Kuno, A. / Hasegawa, T. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Momma, M. / Fujimoto, Z. #2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the C-terminal domain of galactose-binding lectin EW29 from the earthworm Lubmricus terrestris 著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Hasegawa, T. #3: ![]() タイトル: In vitro selection of carbohydrate-binding protein by using advanced ribosome display 著者: Yabe, R. / Kuno, A. / Sawata, Y.S. / Hirabayashi, J. / Jigamai, Y. / Taira, K. / Hasegawa, T. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Novel galactose-binding proteins in Annelida. Characterization of 29-kDa tandem repeat-type lectins from the earthworm Lumbricus terrestris 著者: Hirabayashi, J. / Dutta, S.K. / Kasai, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14432.154 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 変異: E148G,I227N,D230G,I231V,E237G,G239S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET27 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEGMME2000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月6日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 41322 / Num. obs: 21395 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 761.8 / Biso Wilson estimate: 19 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 82.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2D12 ![]() 2d12 解像度: 1.8→22.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 522944.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.5549 Å2 / ksol: 0.289893 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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