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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dre
タイトルCrystal structure of Water-soluble chlorophyll protein from lepidium virginicum at 2.00 angstrom resolution
要素Water-soluble chlorophyll protein
キーワードPLANT PROTEIN / BETA-TREFOIL / TETRAMER / PLANT / LEPIDIUM VIRGINICUM / CHLOROPHYLL / WATER-SOLUBLE CHLOROPHYLL PROTEIN / SINGLET OXYGEN / PHOTOOXIDATION / CHLOROPHYLL CARRIER / KUNITZ (STI) INHIBITORS
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL A / Water-soluble chlorophyll protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lepidium virginicum (コウベナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Horigome, D. / Satoh, H. / Itoh, N. / Mitsunaga, K. / Oonishi, I. / Nakagawa, A. / Uchida, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural mechanism and photoprotective function of water-soluble chlorophyll-binding protein.
著者: Horigome, D. / Satoh, H. / Itoh, N. / Mitsunaga, K. / Oonishi, I. / Nakagawa, A. / Uchida, A.
#1: ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2001
タイトル: Water-soluble chlorophyll protein in Brassicaceae plants is a stress-induced chlorophyll-binding protein
著者: Satoh, H. / Uchida, A. / Nakayama, K. / Okada, M.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1980
タイトル: Crystallization of water-soluble chlorophyll-proteins from Lepidium virginicum
著者: Murata, T. / Itoh, R. / Yakushiji, E.
履歴
登録2006年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Water-soluble chlorophyll protein
B: Water-soluble chlorophyll protein
C: Water-soluble chlorophyll protein
D: Water-soluble chlorophyll protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9408
ポリマ－78,3664
非ポリマー3,5744
水9,998555
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11900 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.060, 82.730, 121.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Water-soluble chlorophyll protein


分子量: 19591.527 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-180 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lepidium virginicum (コウベナズナ) / 組織: Leaf / 参照: UniProt: O04797
#2: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, 3.2M AMMONIUM SULFATE, 5% SUCROSE, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月6日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR SI(111) WITH AN ASYMMETRIC ANGLE OF 7.8 DEGREES
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.99 Å / Num. obs: 50390 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.494 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→28.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1987876.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: ALL OF THE FOUR CHLOROPHYLLS IN THE ASYMMETRIC UNIT WERE IDENTIFIED AS CHLOROPHYLL-A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2489 4.9 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 50390 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.55 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.31 Å20 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3---2.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5353 0 260 555 6168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 389 4.7 %
Rwork0.319 7825 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CLA_CNS_PARAMCLA_CNS_TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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