+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dpd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the Replication Termination Protein in complex with a pseudosymmetric B-site | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / winged-helix protein-DNA complex / Replication Termination / Fork Arrest Mechanism / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vivian, J.P. / Wilce, J. / Wilce, M.C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Replication Termination Protein in complex with a pseudosymmetric B-site 著者: Vivian, J.P. / Wilce, J. / Wilce, M.C.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 123.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 466.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1f4kS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 1
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | This structure represents one dimer of the functional termination complex which comprises a dimer of dimers |
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6445.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
---|---|---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 6436.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 14531.099 Da / 分子数: 2 / Mutation: C110S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25% MPD, 75mM sodium acetate pH 4.6, 20mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→60 Å / Num. all: 12241 / Num. obs: 11638 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 57.1 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 91.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1F4K with residues 71 to 89 of each monomer omitted 解像度: 3.17→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 49.763 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.792 / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 96.207 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.17→60 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | 数: 823 / タイプ: tight positional / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.166→3.248 Å / Total num. of bins used: 20
|