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- PDB-2dpb: Crystal Structure of d(CGCGAATXCGCG) Where X is 5-(N-aminohexyl)c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dpb
タイトルCrystal Structure of d(CGCGAATXCGCG) Where X is 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-2'-deoxyuridine
要素DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DUP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
キーワードDNA / modified nucleotide / 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-2'-deoxyuridine / B-DNA
機能・相同性(6-AMINOHEXYL)CARBAMIC ACID / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Juan, E.C.M. / Kondo, J. / Kurihara, T. / Ito, T. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of DNA:DNA and DNA:RNA duplexes containing 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-modified uracils reveal the basis for properties as antigene and antisense molecules
著者: Juan, E.C.M. / Kondo, J. / Kurihara, T. / Ito, T. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A.
履歴
登録2006年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DUP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DUP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6585
ポリマ－7,2992
非ポリマー3603
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.539, 40.833, 64.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DUP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')


分子量: 3649.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This DNA dodecamer is a synthetic construct.
#2: 化合物 ChemComp-CMY / (6-AMINOHEXYL)CARBAMIC ACID


分子量: 160.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16N2O2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20mM sodium cacodylate, pH 6.0, 40mM potassium chloride, 6mM spermine tetrahydrochloride and 5%(v/v) MPD, equilibrated against 35% (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2potassium chloride11
3spermine tetrahydrochloride11
4MPD11
5HOH11
6sodium cacodylate12
7potassium chloride12
8MPD12
9HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.463 Å / Num. obs: 11296 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 355D

355d


解像度: 1.5→10 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood
詳細: The value of the item "Number reflections (observed)" is the number of reflections used in refinement. This value excludes the reflections that have sigma(F) less than 3.0.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 1136 -RANDOM
Rwork0.1934 ---
all-11265 --
obs-10951 97.2 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.466 Å20 Å20 Å2
2---1.774 Å20 Å2
3---3.239 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 484 21 236 741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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