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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dpb | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of d(CGCGAATXCGCG) Where X is 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-2'-deoxyuridine | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / modified nucleotide / 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-2'-deoxyuridine / B-DNA | 機能・相同性 | (6-AMINOHEXYL)CARBAMIC ACID / : / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | データ登録者 | Juan, E.C.M. / Kondo, J. / Kurihara, T. / Ito, T. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007 | タイトル: Crystal structures of DNA:DNA and DNA:RNA duplexes containing 5-(N-aminohexyl)carbamoyl-modified uracils reveal the basis for properties as antigene and antisense molecules 著者: Juan, E.C.M. / Kondo, J. / Kurihara, T. / Ito, T. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dpb.cif.gz | 30 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dpb.ent.gz | 19.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dpb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/2dpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/2dpb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3649.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This DNA dodecamer is a synthetic construct. #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20mM sodium cacodylate, pH 6.0, 40mM potassium chloride, 6mM spermine tetrahydrochloride and 5%(v/v) MPD, equilibrated against 35% (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→19.463 Å / Num. obs: 11296 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 355D 解像度: 1.5→10 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood 詳細: The value of the item "Number reflections (observed)" is the number of reflections used in refinement. This value excludes the reflections that have sigma(F) less than 3.0.
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
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