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- PDB-2dkb: DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dkb
タイトルDIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES
要素2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)
キーワードLYASE(DECARBOXYLASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) / 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) activity / L-alanine catabolic process, by transamination / alanine-glyoxylate transaminase activity / glyoxylate catabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 2,2-dialkylglycine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Toney, M.D. / Hohenester, E. / Jansonius, J.N.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Dialkylglycine decarboxylase structure: bifunctional active site and alkali metal sites.
著者: Toney, M.D. / Hohenester, E. / Cowan, S.W. / Jansonius, J.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Dialkylglycine Decarboxylase, a Decarboxylating Transaminase
著者: Toney, M.D. / Keller, J.W. / Pauptit, R.A. / Jaeger, J. / Wise, M.K. / Sauder, U. / Jansonius, J.N.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Pseudomonas Cepacia 2.2-Dialkylglycine Decarboxylase. Sequence and Expression in Escherichia Coli of Structural and Repressor Genes
著者: Keller, J.W. / Baurick, K.B. / Rutt, G.C. / O'Malley, M.V. / Sonafrank, N.L. / Reynolds, R.A. / Ebbesson, L.O. / Vajdos, F.F.
履歴
登録1994年7月12日処理サイト: BNL
改定 1.01994年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0665
ポリマ－46,5771
非ポリマー4884
水4,125229
1
A: 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)
ヘテロ分子

A: 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,13210
ポリマ－93,1552
非ポリマー9778
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area12050 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
2
A: 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)
ヘテロ分子

A: 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)
ヘテロ分子

A: 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)
ヘテロ分子

A: 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,26320
ポリマ－186,3104
非ポリマー1,95316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area29650 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area51250 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)152.700, 152.700, 86.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Atom site foot note1: THE FOLLOWING RESIDUES HAVE WEAK ELECTRON DENSITY: 142 - 143, 346 - 347, AND 369 - 377.
2: AT SITE PLP, RESIDUE LYS 272 HAS THE COFACTOR PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE COVALENTLY ATTACHED TO IT.
詳細DGD IS A TETRAMER OF IDENTICAL SUBUNITS. THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS WILL GENERATE THE OTHER THREE SUBUNITS OF THE TETRAMER: MTRIX1 1 -0.500000 0.866010 0.000000 0.00000 MTRIX2 1 0.866041 0.500000 0.000000 0.00000 MTRIX3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 28.86753 MTRIX1 2 0.500000 -0.866010 0.000000 76.34753 MTRIX2 2 -0.866041 -0.500000 0.000000 132.24016 MTRIX3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 28.86753 MTRIX1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 76.34753 MTRIX2 3 0.000000 -1.000000 0.000000 132.24016 MTRIX3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)


分子量: 46577.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16932, 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: DGDA_BURCE SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE GLN 14 HIS 15 GLU 51 GLN 52 GLY 80 GLU 81 ILE 81 MET 82 VAL 82 LEU 83 ARG 307 PRO 308 PRO 309 LEU 309 GLY 312 ALA 312 THE PUBLISHED AMINO ACID SEQUENCE (REF. 1) WAS CORRECTED AT TWO POSITIONS (J.W. KELLER, PRIVATE COMMUNICATION): RESIDUES 81 - 83: GLY-ILE-VAL TO GLU-MET-LEU. RESIDUES 308 - 313: ARG-CYS-PRO-PRO-ALA-GLY TO -PRO-LEU-PRO-ALA-ALA (INCLUDES A DELETION!). RESIDUE 15 IS HIS AS IN REFERENCE 1. RESIDUE 52 IS GLN (J.W. KELLER, PRIVATE COMMUNICATION). THE FIRST TWO RESIDUES ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL SINCE THEY ARE DISORDERED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: taken from Toney, M.D., (1991) J.Mol.Biol., 222, 873.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-60 mg/mlprotein1drop
25 mMpotassium phosphate1drop
30.015 mMPLP1drop
40.02 %(w/v)sodium azide1drop
515 mMmorpholinoethanesulfonic acid1reservoir
615 %(w/v)PEG40001reservoir
8150 mMsodium pyruvate1reservoir
90.015 mMPLP1reservoir
7potassium hydroxide1reservoirto neutralize
100.02 %sodium azide1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 32665 / % possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.078

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→8 Å / Rfactor obs: 0.178
詳細: ATOMS THAT ARE NOT WELL DEFINED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY OR REFINE TO B-FACTORS (GREATER THAN) 100 ANGSTROMS**2 HAVE A WEIGHT OF ZERO.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3252 0 29 229 3510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d2.2
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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