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- PDB-2dho: Crystal structure of human IPP isomerase I in space group P212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dho
タイトルCrystal structure of human IPP isomerase I in space group P212121
要素Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase 1
キーワードISOMERASE / alpha/beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome / manganese ion binding ...isopentenyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome / manganese ion binding / magnesium ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1 / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, C. / Wei, Z. / Gong, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of human IPP isomerase: new insights into the catalytic mechanism
著者: Zhang, C. / Liu, L. / Xu, H. / Wei, Z. / Wang, Y. / Lin, Y. / Gong, W.
履歴
登録2006年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,21421
ポリマ－27,3741
非ポリマー84020
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.019, 62.947, 74.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase 1 / IPP isomerase 1 / Isopentenyl pyrophosphate isomerase 1 / IPPI1


分子量: 27374.332 Da / 分子数: 1 / 変異: K157M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13907, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.4M MnCl2, 0.1M Sodium Cacodylate PH6.5, 20% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 33566 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.091 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible obs: 68.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Num. unique obs: 2355 / Χ2: 0.982

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CrystalClearデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→25.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.692 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1694 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.175 ---
obs-33512 96.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 20 306 2144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.9632554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.845242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.96725.31994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.78315355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.697159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3861.51118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74321829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2583779
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9274.5711
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 70 -
Rwork0.313 1567 -
obs-1637 64.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.96114.49224.122212.22988.7127.4049-0.1680.0882-0.2333-0.25240.3942-0.498-0.14980.2735-0.2261-0.01750.00020.044-0.0037-0.0009-0.055916.552925.5612-3.301
22.8518-0.28550.02961.78720.34730.7256-0.0984-0.2638-0.0940.15530.02430.04440.2658-0.02590.07420.01060.010.0329-0.02090.02-0.056117.430816.5741-5.3913
30.91730.4495-1.71722.1028-2.65335.7451-0.04110.029-0.0124-0.0822-0.02460.01960.10580.00490.0657-0.024-0.003-0.0145-0.01670.0022-0.032617.086228.7267-24.0568
42.0135-0.4951.87992.0803-0.7583.3327-0.0492-0.05510.03270.201-0.0118-0.16250.04280.00710.061-0.01350.0007-0.0159-0.04290.0001-0.008127.890629.2279-20.5624
53.36810.0921-0.02820.90910.3482.52340.0253-0.0888-0.02450.03760.00670.05350.0848-0.1636-0.032-0.0202-0.00060.0141-0.03110.0066-0.03659.611327.775-10.091
64.99563.4604-1.50453.7439-1.33741.36350.00580.05630.21070.0120.05690.1996-0.1202-0.1286-0.0627-0.02530.02360.0032-0.021-0.0045-0.037212.980534.0859-16.707
71.42890.70650.00654.8826-0.33731.3078-0.00820.11250.1254-0.1310.04680.3957-0.0353-0.1508-0.0386-0.07810.0027-0.00860.01290.0111-0.044810.610229.7146-22.5217
84.2117-0.4995-0.02061.64830.03450.7633-0.0636-0.106-0.10690.07170.0527-0.0560.09310.02040.0109-0.00770.0024-0.0024-0.03650.0067-0.029924.973616.7705-11.0107
91.7844-0.4889-0.28236.7637-3.66025.0896-0.01660.16560.0354-0.0991-0.0794-0.14360.04460.02920.096-0.0386-0.0188-0.0081-0.0175-0.005-0.027513.246723.844-21.8931
100.92330.50651.26552.13711.13662.60450.0119-0.03570.07930.05440.0106-0.1151-0.0203-0.0146-0.0224-0.0211-0.00940.0064-0.03780.0091-0.041325.019836.9432-23.4847
1112.0712-9.69427.277312.632-9.38611.85090.27610.4673-0.1622-1.0426-0.5306-0.60090.80720.54260.25450.04240.03780.1267-0.0647-0.0025-0.001933.347423.4048-32.6726
125.7544-0.72130.07083.4643-0.01283.33450.08440.1357-0.1522-0.2241-0.0646-0.16420.1680.1832-0.0198-0.01110.02060.0101-0.07380.0116-0.025328.89419.9277-23.9659
136.2159-4.39132.26116.9387-3.23814.98-0.06310.0525-0.2595-0.13860.18140.12990.3939-0.0741-0.11830.0084-0.0243-0.0102-0.0436-0.0129-0.061917.987922.2308-34.492
146.62635.6966-6.21977.0083-7.826119.0763-0.37740.3377-0.1955-0.52710.19520.02850.4918-0.29640.1822-0.0425-0.0482-0.0523-0.0286-0.0157-0.05428.065220.5644-32.2774
1517.5753-6.7187-0.45194.3264-1.29744.4320.15930.4362-0.5701-0.165-0.13230.37960.22540.007-0.0270.0028-0.019-0.0452-0.0735-0.0484-0.018112.216612.0845-22.393
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1113 - 2621 - 34
2227 - 5135 - 59
3352 - 6160 - 69
4462 - 8570 - 93
5586 - 9894 - 106
6699 - 119107 - 127
77120 - 135128 - 143
88136 - 149144 - 157
99150 - 154158 - 162
1010155 - 175163 - 183
1111176 - 188184 - 196
1212189 - 203197 - 211
1313204 - 213212 - 221
1414214 - 221222 - 229
1515222 - 227230 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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