+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dhn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | COMPLEX OF 7,8-DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS WITH 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN AT 2.2 A RESOLUTION | ||||||
要素 | 7,8-DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE | ||||||
キーワード | PRODUCT COMPLEX / PTERINE BINDING / FOLATE BIOSYNTHESIS / ANTIBIOTIC TARGET / BETA-BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 7,8-dihydroneopterin epimerase / dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / isomerase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hennig, M. / D'Arcy, A. / Hampele, I.C. / Page, M.G.P. / Oefner, C.H. / Dale, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure and reaction mechanism of 7,8-dihydroneopterin aldolase from Staphylococcus aureus. 著者: Hennig, M. / D'Arcy, A. / Hampele, I.C. / Page, M.G. / Oefner, C. / Dale, G.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dhn.cif.gz | 37.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2dhn.ent.gz | 26.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dhn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dhn_validation.pdf.gz | 385.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2dhn_full_validation.pdf.gz | 387.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2dhn_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dhn_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/2dhn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/2dhn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 8||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13769.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: DHNA / プラスミド: PSADHNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 (PREP4) / 参照: UniProt: P56740 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PH2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.6 / 詳細: pH 6.6 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月21日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SUPPER MIRROR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 27653 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 6008 / Num. measured all: 27653 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: DHNA UNLIGANDED 解像度: 2.2→30 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |