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- PDB-2dfx: Crystal structure of the carboxy terminal domain of colicin E5 co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dfx
タイトルCrystal structure of the carboxy terminal domain of colicin E5 complexed with its inhibitor
要素
  • Colicin-E5
  • Colicin-E5 immunity protein
キーワードHYDROLASE / alpha/beta protein / protein-inhibitor protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity / RNA nuclease activity / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase - #30 / Colicin-E5 immunity protein / ImmE5 superfamily / Colicin-E5 Imm protein / Colicin E5 C-terminal ribonuclease domain (CRD) / Colicin E5 ribonuclease domain / Colicin E5 ribonuclease domain superfamily / Colicin E5 ribonuclease domain / Colicin D/E5 nuclease domain superfamily / YaeB-like fold ...Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase - #30 / Colicin-E5 immunity protein / ImmE5 superfamily / Colicin-E5 Imm protein / Colicin E5 C-terminal ribonuclease domain (CRD) / Colicin E5 ribonuclease domain / Colicin E5 ribonuclease domain superfamily / Colicin E5 ribonuclease domain / Colicin D/E5 nuclease domain superfamily / YaeB-like fold / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-E5 immunity protein / Colicin-E5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yajima, S. / Inoue, S. / Ogawa, T. / Nonaka, T. / Ohsawa, K. / Masaki, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for sequence-dependent recognition of colicin E5 tRNase by mimicking the mRNA-tRNA interaction
著者: Yajima, S. / Inoue, S. / Ogawa, T. / Nonaka, T. / Ohsawa, K. / Masaki, H.
履歴
登録2006年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年4月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Colicin-E5
I: Colicin-E5 immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6812
ポリマ－24,6812
非ポリマー00
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area9060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.5, 74.4, 111.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Colicin-E5 / Fragment


分子量: 12723.011 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 2-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBR328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P18000, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Colicin-E5 immunity protein / ImmE5 / Microcin-E5 immunity protein


分子量: 11957.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBR328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13476
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M TrisCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月24日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→19.1 Å / Num. obs: 20556 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→19.1 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.198 990 random
Rwork0.179 --
all0.18 19713 -
obs0.18 19713 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1563 0 0 102 1665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 164 -
Rwork0.186 --
obs-3137 91.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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