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万見
- PDB-2df6: Crystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2df6
タイトルCrystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a High Affinity Peptide from PAK2
要素
  • 18-mer from PAK2
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain / Peptide interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


CD28 dependent Vav1 pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CD209 (DC-SIGN) signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / negative regulation of microtubule nucleation / Generation of second messenger molecules / presynaptic actin cytoskeleton organization / Ephrin signaling ...CD28 dependent Vav1 pathway / VEGFR2 mediated vascular permeability / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CD209 (DC-SIGN) signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / negative regulation of microtubule nucleation / Generation of second messenger molecules / presynaptic actin cytoskeleton organization / Ephrin signaling / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / MAPK6/MAPK4 signaling / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / Smooth Muscle Contraction / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / postsynaptic actin cytoskeleton organization / RHOA GTPase cycle / positive regulation of growth hormone secretion / protein localization to cell-cell junction / storage vacuole / astrocyte cell migration / FCERI mediated MAPK activation / dendritic spine development / bicellular tight junction assembly / cardiac muscle hypertrophy / gamma-tubulin binding / adherens junction assembly / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of stress fiber assembly / lamellipodium assembly / regulation of axonogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / mitotic spindle pole / Golgi organization / regulation of cytoskeleton organization / : / regulation of MAPK cascade / protein tyrosine kinase activator activity / Rho protein signal transduction / hematopoietic progenitor cell differentiation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / secretory granule / cellular response to starvation / GABA-ergic synapse / small GTPase binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / growth cone / cell cortex / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / neuron projection / postsynaptic density / intracellular signal transduction / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
p21-activated kinase 2, catalytic domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / p21 activated kinase binding domain / : / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / CRIB domain superfamily ...p21-activated kinase 2, catalytic domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / p21 activated kinase binding domain / : / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / Dbl homology (DH) domain signature. / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / Serine/threonine-protein kinase PAK 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Hoelz, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a High Affinity Peptide from PAK2
著者: Hoelz, A. / Janz, J.M. / Lawrie, S.D. / Corwin, B. / Lee, A. / Sakmar, T.P.
履歴
登録2006年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
C: 18-mer from PAK2
D: 18-mer from PAK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5694
ポリマ－17,5694
非ポリマー00
水2,540141
1
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
C: 18-mer from PAK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7852
ポリマ－8,7852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4530 Å2
手法PISA
2
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
D: 18-mer from PAK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7852
ポリマ－8,7852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.217, 50.217, 100.317
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / PAK-interacting exchange factor beta / Beta-Pix


分子量: 6731.333 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 domain(residues 10-63) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arhgef7, Pak3bp, Pixb / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O55043
#2: タンパク質・ペプチド 18-mer from PAK2


分子量: 2053.364 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 180-197 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in human, rat.
参照: GenBank: 5138914, UniProt: Q64303*PLUS, EC: 2.7.1.37
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 100mM MES, 35% PEG 5000MME, 200mM ammonium sulfate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979191 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. all: 35167 / Num. obs: 35167 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G6F

2g6f


解像度: 1.3→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.215 3343
Rwork0.201 -
all0.204 35167
obs0.204 35167
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1195 0 0 141 1336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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