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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2de4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DSZB C27S mutant in complex with biphenyl-2-sulfinic acid | ||||||
![]() | DIBENZOTHIOPHENE DESULFURIZATION ENZYME B | ||||||
![]() | HYDROLASE / ALPHA-BETA | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinate desulfinase / 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinate desulfinase activity / dibenzothiophene catabolic process / alkanesulfonate transmembrane transport / monooxygenase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, W.C. / Ohshiro, T. / Matsubara, T. / Izumi, Y. / Tanokura, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and desulfurization mechanism of 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinic acid desulfinase. 著者: Lee, W.C. / Ohshiro, T. / Matsubara, T. / Izumi, Y. / Tanokura, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39062.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C27S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P54997, 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinate desulfinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: PEG 6000, PEG 8000, HEPES, MAGNESIUM ACETATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→31.01 Å / Num. obs: 236875 / % possible obs: 99.4 % / Biso Wilson estimate: 14.826 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 96.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.163 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.01 Å
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拘束条件 |
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