PDB-2dde: Structure of cinnamycin complexed with lysophosphatidylethanolamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dde

タイトル

Structure of cinnamycin complexed with lysophosphatidylethanolamine

要素

LANTIBIOTIC CINNAMYCIN

キーワード

ANTIBIOTIC (抗生物質) / IMMUNOPOTENTIATOR /

ANTIMICROBIAL /

ANTITUMOR /

LIPID BINDING (脂質) /

PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE (ホスファチジルエタノールアミン) /

LANTHIONINE (ランチオニン) /

THIOESTER (チオエステル)

機能・相同性

cytolysis / defense response to bacterium /

signaling receptor binding /

Cinnamycin / Chem-LSP / Lantibiotic cinnamycin

機能・相同性情報

生物種

STREPTOMYCES GRISEOVERTICILLATUS (バクテリア)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY,

SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Hosoda, K. / Ohya, M. / Kohno, T. / Maeda, T. / Endo, S. / Wakamatsu, K.

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Structure determination of an immunopotentiator peptide, cinnamycin, complexed with lysophosphatidylethanolamine by 1H-NMR1.
著者: Hosoda, K. / Ohya, M. / Kohno, T. / Maeda, T. / Endo, S. / Wakamatsu, K.

履歴

登録	2006年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月14日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年7月27日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.4	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.5	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dde.cif.gz	62.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dde.ent.gz	42.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/2dde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/2dde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aj1 1mqx 1mqy 1mqz 1qow 1w9n 1wco 2kto 8c5j
類似構造データ	1pp5-d 2nb6-d 1s4a-d 6dzb-d 6dza-d 1xy5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LANTIBIOTIC CINNAMYCIN

ヘテロ分子

2.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	LANTIBIOTIC CINNAMYCIN / LANTHIOPEPTIN / LANTIBIOTIC RO 09- 0198 / タイプ: Polypeptideペプチド / クラス: LantibioticLantibiotics / 分子量: 2067.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: CINNAMYCIN IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR AND SER INTO DEHYDRATED AMINO ACIDS AND THE FORMATION OF THIOETHER ...詳細: CINNAMYCIN IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. POST TRANSLATIONAL MATURATION OF LANTIBIOTICS INVOLVES THE ENZYMIC CONVERSION OF THR AND SER INTO DEHYDRATED AMINO ACIDS AND THE FORMATION OF THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE. THE 14-19 BETA-METHYLLANTHIONINE THIOETHER BOND IS OXIDIZED TO A SULFOXIDE. THE THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN THREE RING STRUCTURES, CROSSLINK BETWEEN SER AND LYS RESULT IN THE FOURTH RING. THIS IS FOLLOWED BY MEMBRANE TRANSLOCATION AND CLEAVAGE OF THE MODIFIED PRECURSOR. 由来: (天然) STREPTOMYCES GRISEOVERTICILLATUS (バクテリア) 参照: UniProt: P29827, Cinnamycin
#2: 化合物	ChemComp-LSP / (7S)-4,7-DIHYDROXY-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAUNDECAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 1-ACETYL-2-LYSO-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE 分子量: 258.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₇NO₇P
構成要素の詳細	CINNAMYCIN IS A GLOBULAR TYPE B LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY THIOESTER AMINO ...CINNAMYCIN IS A GLOBULAR TYPE B LANTIBIOTIC. THE LANTIBIOTICS ARE CHARACTERIZED BY THIOESTER AMINO ACIDS LANTHIONINE AND/OR METHYLLANTHIONINE. HERE, CINNAMYCIN IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	PE-COSY
1	3	1	2D NOESY
1	4	1	ROESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	10MM CINNAMYCIN-C12-LYSOPE
2	DMSO-D6

試料状態

圧: AMBIENT / 温度: 318 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR 3.1	BRUNGER	精密化
XwinNMR		構造決定
DADAS90 2.1		構造決定
X-PLOR 3.1		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY,

SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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