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- PDB-2dcy: Crystal structure of Bacillus subtilis family-11 xylanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dcy
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis family-11 xylanase
要素Endo-1,4-beta-xylanase A
キーワードHYDROLASE / ALL BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / D(-)-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kondo, H. / Miyazaki, K. / Takenouchi, M. / Noro, N. / Suzuki, M. / Tsuda, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Thermal Stabilization of Bacillus subtilis Family-11 Xylanase by Directed Evolution
著者: Miyazaki, K. / Takenouchi, M. / Kondo, H. / Noro, N. / Suzuki, M. / Tsuda, S.
履歴
登録2006年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年7月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase A
B: Endo-1,4-beta-xylanase A
C: Endo-1,4-beta-xylanase A
D: Endo-1,4-beta-xylanase A
E: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,29015
ポリマ－101,9755
非ポリマー1,31510
水4,468248
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7834
ポリマ－20,3951
非ポリマー3883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9335
ポリマ－20,3951
非ポリマー5384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6333
ポリマ－20,3951
非ポリマー2382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3951
ポリマ－20,3951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Endo-1,4-beta-xylanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5452
ポリマ－20,3951
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.445, 186.209, 37.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase A / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase A


分子量: 20394.979 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: xynA / プラスミド: pTD-tac / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P18429, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M Imidazole, 1.0-1.1K/Na tartrate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 178663 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XNB

1xnb


解像度: 1.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 0.993 / SU ML: 0.04 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21733 8929 5 %RANDOM
Rwork0.1973 ---
all0.19828 178662 --
obs0.19828 169733 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.159 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7275 0 88 248 7611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0217596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.88310406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0095920
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22955
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1010.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.090.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9371.54543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53627323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29133053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0364.53083
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数
Rfree0.261 532
Rwork0.246 10466
obs-10998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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