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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d9q | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Human GCSF-Receptor Signaling Complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/CYTOKINE / CYTOKINE / LIGAND-RECEPTOR COMPLEX / SIGNALING PROTEIN-CYTOKINE COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 granulocyte colony-stimulating factor binding / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / amelogenesis / regulation of actin filament organization / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling ...granulocyte colony-stimulating factor binding / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / amelogenesis / regulation of actin filament organization / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / cytokine binding / plasma membrane => GO:0005886 / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / endocytic vesicle lumen / lysosomal lumen / neutrophil chemotaxis / cytokine activity / growth factor activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell adhesion / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Tamada, T. / Kuroki, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Homodimeric cross-over structure of the human granulocyte colony-stimulating factor (GCSF) receptor signaling complex 著者: Tamada, T. / Honjo, E. / Maeda, Y. / Okamoto, T. / Ishibashi, M. / Tokunaga, M. / Kuroki, R. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2005 タイトル: Crystallization of a 2:2 complex of granulocyte-colony stimulating factor (GCSF) with the ligand-binding region of the GCSF receptor 著者: Honjo, E. / Tamada, T. / Meada, Y. / Koshiba, T. / Matsukura, Y. / Okamoto, T. / Ishibashi, M. / Tokunaga, M. / Kuroki, R. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Thermodynamic analysis of the activation mechanism of the GCSF receptor induced by ligand binding 著者: Mine, S. / Koshiba, T. / Honjo, E. / Okamoto, T. / Tamada, T. / Maeda, Y. / Matsukura, Y. / Horie, A. / Ishibashi, M. / Sato, M. / Azuma, M. / Tokunaga, M. / Nitta, K. / Kuroki, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d9q.cif.gz | 106.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d9q.ent.gz | 80.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d9q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2d9q_validation.pdf.gz | 776.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2d9q_full_validation.pdf.gz | 817.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2d9q_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2d9q_validation.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18685.564 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09919 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34709.715 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-CRH DOMAIN / Mutation: C79S, C164S, C229S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q99062 |
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.2M ammonium phosphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 25214 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2129 / % possible all: 78 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CD9 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 18.388 / SU ML: 0.302 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.464 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.031 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20 /
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