PDB-2d8p: Structure of HYPER-VIL-thaumatin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d8p

タイトル

Structure of HYPER-VIL-thaumatin

要素

Thaumatin I

ソーマチン

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / iodo-tyrosine / HYDROGEN PEROXIDE VAPORIZING IODINE LABELING(HYPER-VIL)

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Miyatake, H. / Hasegawa, T. / Yamano, A.

引用

ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006
タイトル: New methods to prepare iodinated derivatives by vaporizing iodine labelling (VIL) and hydrogen peroxide VIL (HYPER-VIL)
著者: Miyatake, H. / Hasegawa, T. / Yamano, A.

履歴

登録	2005年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d8p.cif.gz	48.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d8p.ent.gz	38.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d8oC 2d8wC 2d91C 2d97C 2d98C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vch-d 2g4y-d 5lh5-d 1lr3-d 5kw8-d 3v82-d 5mjg-d 4axr-d 3v87-d 6srj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.727, 57.727, 150.955
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / ソーマチン分子量: 23360.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M K/Na tartrate, 0.1M Na HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54182 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月1日 / 詳細: Osmic Cu CMF
放射	モノクロメーター: Osmic Cu CMF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54182 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→53.916 Å / Num. all: 21518 / Num. obs: 21518 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 26.8 Å²
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→31.7 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Data cutoff high absF: 271975.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1052	4.9 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.214	11989	99.4 %	-
all	-	12013	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 25.6777 Å² / k_sol: 0.392464 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.34 Å	0.28 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.28 Å	0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1559	0	5	36	1600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.4
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.87

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / R_factor R_free error: 0.021 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	195	5.5 %
R_work	0.245	3341	-
obs	-	-	98 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	IYR2.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	protein_IYR2.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	IYR2.top

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