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- PDB-2d7d: Structural insights into the cryptic DNA dependent ATP-ase activi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d7d
タイトルStructural insights into the cryptic DNA dependent ATP-ase activity of UvrB
要素
  • 40-mer from UvrABC system protein B
  • 5'-D(P*TP*TP*T)-3'
  • UvrABC system protein B
キーワードHYDROLASE/DNA / Helicase / Protein-DNA-ADP ternary complex / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / excinuclease repair complex / SOS response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain ...UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Barrett, T.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural insights into the cryptic DNA-dependent ATPase activity of UvrB
著者: Eryilmaz, J. / Ceschini, S. / Ryan, J. / Geddes, S. / Waters, T.R. / Barrett, T.E.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural insights into the cryptic ATP-ase activity of UvrB
著者: Eryilmaz, J. / Ceschini, S. / Ryan, J. / Geddes, S. / Waters, T.R. / Barrett, T.E.
履歴
登録2005年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(P*TP*TP*T)-3'
A: UvrABC system protein B
B: 40-mer from UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4274
ポリマ－82,0003
非ポリマー4271
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.231, 98.215, 95.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly consists of a full UvrB monomer, a trithymine oligonucleotide, a single molecule of ADP and a helix-loop-helix dimer fragment resulting from proteolysis of UvrB.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*TP*T)-3'


分子量: 867.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 UvrABC system protein B / UvrB protein / Excinuclease ABC subunit B / Protein dinA


分子量: 76440.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: uvrB / プラスミド: pET 8c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS
参照: UniProt: P37954, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質・ペプチド 40-mer from UvrABC system protein B


分子量: 4692.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: uvrB / プラスミド: pET 8c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS
参照: UniProt: P37954, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 18-20% (w/v) PEG 10000 0.1M Tris-Hcl, pH 8.5, Microbatch, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 1000011
2Tris-Hcl11
3H2O11
4PEG 1000012
5Tris-Hcl12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月22日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel-cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 39593 / Num. obs: 39593 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2.4 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5487 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D9X

1d9x


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 7.237 / SU ML: 0.186 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28485 1953 4.9 %RANDOM
Rwork0.22679 ---
all0.22961 39593 --
obs0.22961 39593 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å20 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3----1.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.236 Å0.29 Å
Luzzati d res low-30 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5199 61 27 204 5491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9947283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.345656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97624.046262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.41915945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5621547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.22437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23656
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3210.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.781.53384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27325278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2132220
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3964.52005
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 121 -
Rwork0.279 2633 -
obs-2633 91.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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