- PDB-2d5i: The crystal structure of AzoR (Azo Reductase) from Escherichia coli -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2d5i
タイトル
The crystal structure of AzoR (Azo Reductase) from Escherichia coli
要素
Azo Reductase
キーワード
OXIDOREDUCTASE / azo reductase
機能・相同性
機能・相同性情報
azobenzene reductase activity / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / FMN-dependent NADH-azoreductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / response to oxidative stress / electron transfer activity / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
相対比: 1
反射
解像度: 2.2→67.42 Å / Num. obs: 12145
-
解析
ソフトウェア
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: 精密化
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→67.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.333 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.20507
601
5 %
RANDOM
Rwork
0.16822
-
-
-
obs
0.17
11523
93.24 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK