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- PDB-2d5c: Crystal Structure of Shikimate 5-Dehydrogenase (AroE) from Thermu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d5c
タイトルCrystal Structure of Shikimate 5-Dehydrogenase (AroE) from Thermus Thermophilus HB8 in complex with shikimate
要素shikimate 5-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Shikimate / Substrate / Dimer / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily ...Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SKM / Shikimate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Shikimate Dehydrogenase AroE from Thermus thermophilus HB8 and its Cofactor and Substrate Complexes: Insights into the Enzymatic Mechanism
著者: Bagautdinov, B. / Kunishima, N.
履歴
登録2005年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: shikimate 5-dehydrogenase
B: shikimate 5-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3668
ポリマ－56,6342
非ポリマー7336
水8,269459
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.811, 63.944, 113.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 shikimate 5-dehydrogenase / AroE


分子量: 28316.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: AroE / プラスミド: pET 11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SJF8, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SKM / (3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYCYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / SHIKIMATE / シキミ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: Ammonium sulfate, Sodium Acetate trihydrate, PEG4000, pH 4.6, microbatch, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 55553 / Num. obs: 52062 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Num. unique all: 3739 / % possible all: 71.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WXD

1wxd


解像度: 1.65→35.13 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2583 -RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 52062 93.5 %-
all-52112 --
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.51 Å20 Å20 Å2
2--6.14 Å20 Å2
3---1.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3960 0 44 459 4463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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