PDB-2d4y: Crystal structure of a 49K fragment of HAP1 (FlgK)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d4y

タイトル

Crystal structure of a 49K fragment of HAP1 (FlgK)

要素

Flagellar hook-associated protein 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Multi-domain protein / alpha-helical bundle / complex all-beta folds

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum assembly / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Imada, K. / Matsunami, H. / Samatey, A.F. / Nagashima, S. / Namba, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the bacterial flagellar hook-filament junction
著者: Imada, K. / Matsunami, H. / Yamane, M. / Samatey, A.F. / Nagashima, S. / Namba, K.

履歴

登録	2005年10月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d4y.cif.gz	188.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d4y.ent.gz	148.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/2d4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/2d4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d4xC 1io1 1ucu 1wlg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hul-d 2qp2-d 2j42-d 6dmd-1 1en7-d 6dnr-d 6ck4-3 6rpu-d 3mkw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Flagellar hook-associated protein 1

B: Flagellar hook-associated protein 1

99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flagellar hook-associated protein 1

登録者が定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Flagellar hook-associated protein 1

登録者が定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.928, 99.697, 109.645
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Flagellar hook-associated protein 1 / HAP1 分子量: 49604.293 Da / 分子数: 2 / 断片: FK49 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) プラスミド: pET3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A1J5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 14-15% PEG 8000, 20-25% isopropanol, 0.1M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	1	1.0394
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	2	0.9797, 0.9799, 0.9735, 0.9843

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2003年2月6日
MARRESEARCH	2	CCD	2003年2月6日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double-crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	double-crystal monochromator	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0394	1
2	0.9797	1
3	0.9799	1
4	0.9735	1
5	0.9843	1

反射

解像度: 2.1→75 Å / Num. all: 56302 / Num. obs: 56302 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.2

反射シェル

解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 9113 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→74.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.848 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25504	2844	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21885	-	-	-
all	0.22064	56302	-	-
obs	0.22064	56302	97.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.346 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→74.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6441	0	0	775	7216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	6501
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.947	8807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.467	3	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.757	15	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.269	0.3	3702
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.285	0.5	871
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.3	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.386	0.5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.902	1.5	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.685	2	6777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.482	3	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.128	4.5	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.307	217
R_work	0.252	3888

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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