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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d3s | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of basic winged bean lectin with Tn-antigen | |||||||||
![]() | Basic agglutinin | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Legume lectin / GLYCOSYLATED PROTEIN / AGGLUTININ / TN-ANTIGEN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Kulkarni, K.A. / Sinha, S. / Katiyar, S. / Surolia, A. / Vijayan, M. / Suguna, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the specificity of basic winged bean lectin for the Tn-antigen: a crystallographic, thermodynamic and modelling study 著者: Kulkarni, K.A. / Sinha, S. / Katiyar, S. / Surolia, A. / Vijayan, M. / Suguna, K. #1: ![]() タイトル: Carbohydrate specificity and quaternary association in basic winged bean lectin: X-ray analysis of the lectin at 2.5 A resolution 著者: Prabu, M.M. / Sankaranarayanan, R. / Puri, K.D. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M. / Suguna, K. #2: ![]() タイトル: Structure of basic winged-bean lectin and a comparison with its saccharide-bound form 著者: Manoj, N. / Srinivas, V.R. / Suguna, K. #3: ![]() タイトル: Carbohydrate specificity and salt-bridge mediated conformational change in acidic winged bean agglutinin 著者: Manoj, N. / Srinivas, V.R. / Surolia, A. / Vijayan, M. / Suguna, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1wblS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Biological Assembly is a dimer. Formed by the cahins A&B and C&D. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 26636.799 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 , 5種, 11分子 ![](data/chem/img/A2G.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | ChemComp-A2G / #9: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 4種, 285分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SER.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SER.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | ChemComp-MN / #7: 化合物 | ChemComp-SER / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 6-7% PEG4000,15% Isopropanol, 0.02M PBS, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月4日 / 詳細: osmic mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 44561 / % possible obs: 97.5 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 4441 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB CODE 1wbl 解像度: 2.35→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2310977.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.501 Å2 / ksol: 0.278966 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
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