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万見
- PDB-2d3j: NMR structure of the WIF domain from human WIF-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d3j
タイトルNMR structure of the WIF domain from human WIF-1
要素Wnt inhibitory factor-1
キーワードSIGNALING PROTEIN INHIBITOR / palmitoyl group / recognition domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / Wnt-protein binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / TCF dependent signaling in response to WNT / Wnt signaling pathway / signaling receptor binding / cell surface / signal transduction / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Wnt inhibitory factor (WIF)-1 / : / Wnt, WIF domain / WIF domain / WIF domain superfamily / WIF domain / WIF domain profile. / Wnt-inhibitory factor-1 like domain / Delta-like/Jagged, EGF-like domain / EGF-like, conserved site ...Wnt inhibitory factor (WIF)-1 / : / Wnt, WIF domain / WIF domain / WIF domain superfamily / WIF domain / WIF domain profile. / Wnt-inhibitory factor-1 like domain / Delta-like/Jagged, EGF-like domain / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Wnt inhibitory factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Liepinsh, E. / Banyai, L. / Patthy, L. / Otting, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: NMR structure of the WIF domain of the human Wnt-inhibitory factor-1
著者: Liepinsh, E. / Banyai, L. / Patthy, L. / Otting, G.
履歴
登録2005年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wnt inhibitory factor-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5121
ポリマ－17,5121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Wnt inhibitory factor-1


分子量: 17511.961 Da / 分子数: 1 / 断片: WIF DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5W5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1212D NOESY
1332D NOESY
143DQF-COSY
1532D TOCSY
162HNCA, CBCA(CO)NH
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4mM U-15N WIF DOMAIN90% H2O/10% D2O
20.7mM U-15N/13C WIF DOMAIN90% H2O/10% D2O
30.4mM U-15N WIF DOMAIN100% D2O
試料状態イオン強度: no buffer added / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 301 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Varian UNITYVarianUNITY8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
OPAL2.6Luginbuehl精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on 1755 NOE restraints and 413 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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