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万見
- PDB-2d2q: Crystal structure of the dimerized radixin FERM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d2q
タイトルCrystal structure of the dimerized radixin FERM domain
要素Radixin
キーワードCELL ADHESION / Homo dimer / Masking
機能・相同性
機能・相同性情報


stereocilium base / regulation of actin filament bundle assembly / regulation of organelle assembly / regulation of ruffle assembly / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of early endosome to late endosome transport / microvillus assembly / negative regulation of adherens junction organization / regulation of Rap protein signal transduction / Recycling pathway of L1 ...stereocilium base / regulation of actin filament bundle assembly / regulation of organelle assembly / regulation of ruffle assembly / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of early endosome to late endosome transport / microvillus assembly / negative regulation of adherens junction organization / regulation of Rap protein signal transduction / Recycling pathway of L1 / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / positive regulation of protein localization to early endosome / cell tip / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / : / barbed-end actin filament capping / stereocilium / negative regulation of cell size / cellular response to thyroid hormone stimulus / establishment of endothelial barrier / apical protein localization / cortical actin cytoskeleton / protein kinase A binding / microvillus / cleavage furrow / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ruffle / T-tubule / adherens junction / filopodium / establishment of protein localization / apical part of cell / positive regulation of protein catabolic process / myelin sheath / lamellipodium / regulation of cell shape / actin binding / ATPase binding / midbody / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / protein domain specific binding / focal adhesion / positive regulation of gene expression / cytosol
類似検索 - 分子機能
Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein ...Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kitano, K. / Yusa, F. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2006
タイトル: Structure of dimerized radixin FERM domain suggests a novel masking motif in C-terminal residues 295-304
著者: Kitano, K. / Yusa, F. / Hakoshima, T.
履歴
登録2005年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Radixin
B: Radixin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5612
ポリマ－73,5612
非ポリマー00
水00
1
A: Radixin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7801
ポリマ－36,7801
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Radixin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7801
ポリマ－36,7801
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.218, 70.218, 110.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Radixin / ESP10


分子量: 36780.430 Da / 分子数: 2 / 断片: FERM domain (residues 1-310) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P26043

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 19703 / Num. obs: 19703 / % possible obs: 96.4 %
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.269 899 RANDOM
Rwork0.222 --
all-19703 -
obs-19703 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5016 0 0 0 5016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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