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- PDB-2d2a: Crystal Structure of Escherichia coli SufA Involved in Biosynthes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d2a
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli SufA Involved in Biosynthesis of Iron-sulfur Clusters
要素SufA protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Iron-sulfur cluster / iron / SUF / SufA / IscA / YadR
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster transfer complex / : / iron-sulfur cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FeS assembly scaffold SufA / : / FeS cluster insertion, C-terminal, conserved site / Hypothetical hesB/yadR/yfhF family signature. / FeS cluster insertion protein / Hypothetical Protein Aq_1857; Chain: A; / HesB-like domain / FeS cluster biogenesis / HesB-like domain superfamily / Iron-sulphur cluster biosynthesis ...FeS assembly scaffold SufA / : / FeS cluster insertion, C-terminal, conserved site / Hypothetical hesB/yadR/yfhF family signature. / FeS cluster insertion protein / Hypothetical Protein Aq_1857; Chain: A; / HesB-like domain / FeS cluster biogenesis / HesB-like domain superfamily / Iron-sulphur cluster biosynthesis / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur cluster assembly protein SufA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wada, K. / Hasegawa, Y. / Gong, Z. / Minami, Y. / Fukuyama, K. / Takahashi, Y.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli SufA involved in biosynthesis of iron-sulfur clusters: Implications for a functional dimer
著者: Wada, K. / Hasegawa, Y. / Gong, Z. / Minami, Y. / Fukuyama, K. / Takahashi, Y.
履歴
登録2005年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SufA protein
B: SufA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1542
ポリマ－32,1542
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
2
A: SufA protein

B: SufA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1542
ポリマ－32,1542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_745-x+2,y-1/2,-z+1/21
Buried area1930 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.162, 88.500, 122.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 SufA protein


分子量: 16076.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P77667
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG2000MME, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月29日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8136 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Num. unique all: 808 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S98

1s98


解像度: 2.7→41.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 421277.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 817 10.6 %RANDOM
Rwork0.232 ---
all0.237 7692 --
obs0.232 7692 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.8321 Å2 / ksol: 0.370499 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.42 Å20 Å20 Å2
2--5.78 Å20 Å2
3----2.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1640 0 0 37 1677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.047
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.05
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 125 10.9 %
Rwork0.26 1021 -
obs--87.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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