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万見
- PDB-2d1e: Crystal structure of PcyA-biliverdin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d1e
タイトルCrystal structure of PcyA-biliverdin complex
要素Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta-alpha sandwich / enzyme-substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能
Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase - #20 / Ferredoxin-dependent bilin reductase / Ferredoxin-dependent bilin reductase / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Hagiwara, Y. / Sugishima, M. / Takahashi, Y. / Fukuyama, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase in complex with biliverdin IXalpha, a key enzyme in the biosynthesis of phycocyanobilin
著者: Hagiwara, Y. / Sugishima, M. / Takahashi, Y. / Fukuyama, K.
履歴
登録2005年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7623
ポリマ－28,1561
非ポリマー6062
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.826, 94.997, 42.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1186-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase


分子量: 28156.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, sodium cacodylate, sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月6日
放射モノクロメーター: Si (111) double monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)ID数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)% possible obs
7.31202130.0891.022299.8
72234080.0811.0011.999.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.315097.810.0691.6236.6
3.424.3110010.0641.1537.3
2.993.4210010.0711.0227.4
2.712.9910010.0910.987.4
2.522.7110010.1080.9097.5
2.372.5210010.1260.8957.5
2.252.3710010.1560.9227.4
2.152.2510010.1781.0747.3
2.072.1510010.1950.8367.3
22.0710010.2350.8317.2
4.095098.220.0581.3096.7
3.254.0999.720.0580.9717.1
2.843.2599.820.0730.9917.2
2.582.8499.920.0931.0167.3
2.392.5899.920.1121.0397.2
2.252.3999.920.1230.9777.1
2.142.2599.920.1420.9527
2.052.1499.820.1710.9326.9
1.972.0599.620.2140.8976.8
1.91.9799.420.2850.9166.8
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. all: 45715 / Num. obs: 45715 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.052
反射 シェル解像度: 1.51→1.56 Å / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Num. measured obs: 4400 / Χ2: 0.784 / % possible all: 98

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing dmDelta phi final: 11.84 / Delta phi initial: 38.24 / FOM : 0.836 / Mask type: RMS / 手法: FLIP / 反射: 89555
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.3-500.012.1340.9062028
4.2-5.35.4170.9512049
3.67-4.28.6280.952049
3.34-3.679.4760.9222017
3.1-3.349.7090.922035
2.91-3.110.9730.9242047
2.77-2.9112.7580.8912042
2.65-2.7710.2390.8982025
2.55-2.6512.5310.8822038
2.46-2.5511.6680.8832065
2.38-2.4612.2560.8761984
2.31-2.3811.9580.8632066
2.25-2.3113.3940.8661978
2.2-2.2514.5870.8672103
2.15-2.214.4390.8532013
2.1-2.1515.1550.8322051
2.06-2.116.1720.8252003
2.02-2.0614.2730.8312037
1.98-2.0215.0190.832062
1.95-1.9814.1130.8252002
1.92-1.9514.5240.8172053
1.89-1.9212.5980.8342040
1.86-1.8911.810.822000
1.84-1.8610.2660.8182053
1.81-1.8410.7590.8172052
1.79-1.8110.9140.8172031
1.77-1.7911.5320.8062000
1.74-1.7711.6830.7672092
1.72-1.7411.760.7951967
1.7-1.7211.080.8012071
1.69-1.710.5020.7982054
1.67-1.6911.4110.7972040
1.65-1.6711.9320.7852009
1.63-1.6513.090.7882062
1.62-1.6312.6750.7752008
1.6-1.6212.1440.7682041
1.59-1.613.3580.7222036
1.58-1.5912.5940.7712022
1.56-1.5812.1530.7622033
1.55-1.5611.7780.792081
1.54-1.5512.0860.7741994
1.52-1.5412.3090.7812044
1.51-1.5211.2170.8892038
1.5-1.5111.7950.8742040

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.51→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.113 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2304 5 %RANDOM
Rwork0.157 ---
all0.158 45672 --
obs0.158 45672 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1934 0 44 363 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222118
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.9982876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03834532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2275242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.16324.766107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.52615386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6181514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.02411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.22087
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21013
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2470.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.031.51232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.291.5485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82922014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6523919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2744.5862
LS精密化 シェル解像度: 1.512→1.551 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 161 -
Rwork0.223 3065 -
all-3226 -
obs--96.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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