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万見
- PDB-2d06: Human Sult1A1 Complexed With Pap and estradiol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d06
タイトルHuman Sult1A1 Complexed With Pap and estradiol
要素Sulfotransferase 1A1
キーワードTRANSFERASE / SULT 1A1 / PAP / estradiol / substrarte inhibition / dead end complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / ethanol catabolic process / sulfation ...flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / ethanol catabolic process / sulfation / sulfotransferase activity / catecholamine metabolic process / amine metabolic process / Paracetamol ADME / estrogen metabolic process / xenobiotic metabolic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / ESTRADIOL / Sulfotransferase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gamage, N.U. / Tsvetanov, S. / Duggleby, R.G. / McManus, M.E. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The structure of human SULT1A1 crystallized with estradiol. An insight into active site plasticity and substrate inhibition with multi-ring substrates
著者: Gamage, N.U. / Tsvetanov, S. / Duggleby, R.G. / McManus, M.E. / Martin, J.L.
履歴
登録2005年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfotransferase 1A1
B: Sulfotransferase 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8406
ポリマ－68,4412
非ポリマー1,3994
水2,144119
1
A: Sulfotransferase 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9203
ポリマ－34,2201
非ポリマー7002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sulfotransferase 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9203
ポリマ－34,2201
非ポリマー7002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.640, 86.070, 72.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sulfotransferase 1A1 / SULT1A1 / Phenol Sulfotransferase 1 / Aryl sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol ...SULT1A1 / Phenol Sulfotransferase 1 / Aryl sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1 / P- PST 1 / Thermostable phenol sulfotransferase / Ts-PST / HAST1/HAST2 / ST1A3


分子量: 34220.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: liver / 遺伝子: SULT1A1 / プラスミド: PET20a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50225, aryl sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL / エストラジオ-ル


分子量: 272.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 20% PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月3日 / 詳細: OSMIC MAXFLUX CONFOCAL BLUE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.77 Å / Num. all: 35314 / Num. obs: 35123 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.01 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.96 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEデータ収集
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
SCALEデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LS6

1ls6


解像度: 2.3→29.77 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 448 -RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.453 35207 --
obs0.463 35123 99.6 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.77 Å0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4608 0 94 119 4821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 448 -
Rwork0.453 --
obs-4350 10.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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