PDB-2d00: Subunit F of V-type ATPase/synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d00

タイトル

Subunit F of V-type ATPase/synthase

要素

V-type ATP synthase subunit F

キーワード

HYDROLASE / V-ATPase / Subunit F / CheY / FRET

機能・相同性

機能・相同性情報

proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Makyio, H. / Iino, R. / Ikeda, C. / Imamura, H. / Tamakoshi, M. / Iwata, M. / Stock, D. / Bernal, R.A. / Carpenter, E.P. / Yoshida, M. ...

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structure of a central stalk subunit F of prokaryotic V-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus
著者: Makyio, H. / Iino, R. / Ikeda, C. / Imamura, H. / Tamakoshi, M. / Iwata, M. / Stock, D. / Bernal, R.A. / Carpenter, E.P. / Yoshida, M. / Yokoyama, K. / Iwata, S.

履歴

登録	2005年7月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d00.cif.gz	142.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d00.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2d00_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2d00_full_validation.pdf.gz	468 KB	表示
XML形式データ	2d00_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	2d00_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/2d00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/2d00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5f3r-1 3roi-d 6agj-1 3v5r-d 5ccv-8 5ccv-2 6qu9-d 4gop-2 6dtl-d 1ru3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: V-type ATP synthase subunit F

B: V-type ATP synthase subunit F

C: V-type ATP synthase subunit F

D: V-type ATP synthase subunit F

E: V-type ATP synthase subunit F

F: V-type ATP synthase subunit F

ヘテロ分子

71.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: V-type ATP synthase subunit F

B: V-type ATP synthase subunit F

C: V-type ATP synthase subunit F

D: V-type ATP synthase subunit F

E: V-type ATP synthase subunit F

F: V-type ATP synthase subunit F

ヘテロ分子

A: V-type ATP synthase subunit F

B: V-type ATP synthase subunit F

C: V-type ATP synthase subunit F

D: V-type ATP synthase subunit F

E: V-type ATP synthase subunit F

F: V-type ATP synthase subunit F

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.705, 138.295, 66.096
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	V-type ATP synthase subunit F / V-type ATPase subunit F 分子量: 11878.670 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74903, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 400, calcium acetate, potassium chloride, MES, MOPS, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X06SA	1	0.979
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2	0.9794, 0.9796, 0.9724

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2003年11月3日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2003年11月13日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9794	1
3	0.9796	1
4	0.9724	1

反射

解像度: 2.2→26 Å / Num. all: 38602 / Num. obs: 38602 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 16.474 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26221	1206	3.1 %	RANDOM
R_work	0.21403	-	-	-
obs	-	37320	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.76 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4998	0	4	287	5289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.033	0.022	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	4950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.492	2.015	6852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.109	3	11418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.779	5	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.67	23.243	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.547	15	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.206	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.273	0.2	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.103	0.2	3461
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.271	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.373	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.134	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.276	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.211	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.314	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.458	1.5	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.387	1.5	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.065	2	5160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.412	3	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.313	4.5	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	72	-
R_work	0.261	2711	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8551	0.2049	-0.2535	15.2544	3.0214	5.3566	-0.4311	0.0594	0.3677	-1.5106	0.6334	-0.8316	-0.284	0.3167	-0.2023	-0.0784	-0.1615	0.0116	-0.1668	0.0795	-0.2923	34.7246	41.0171	8.7566
2	8.9496	4.1125	-5.7314	7.7416	-2.6067	13.8086	-0.2651	1.3419	-0.2092	-1.4053	0.1829	0.0716	-0.3375	-0.6761	0.0822	-0.0503	0.012	-0.0362	-0.1337	-0.1116	-0.1753	55.637	45.6682	-24.0891
3	0.7293	0.0525	2.2487	10.1095	1.1432	7.4883	-0.164	0.3996	-0.1222	-0.0368	0.1806	0.0364	0.6955	0.2281	-0.0165	-0.0756	-0.0446	0.2266	-0.1044	-0.084	0.2029	14.2762	61.1927	8.3463
4	11.0476	-2.7379	-7.9279	6.0354	4.0666	14.7313	0.0341	1.4215	-0.0777	-0.9346	0.1368	0.3056	-0.6809	0.3117	-0.1709	-0.19	-0.1377	-0.0845	-0.0022	-0.0199	-0.162	28.2533	43.9442	-24.1484
5	16.0994	-2.3528	6.1916	6.3341	-3.2674	7.7696	1.4347	1.1647	-1.4455	-1.0093	-0.8063	0.4121	0.9857	0.6004	-0.6284	0.0283	0.254	-0.0712	-0.1275	-0.125	-0.2167	20.3918	88.249	8.6715
6	3.4543	-0.385	1.0114	14.6203	7.3329	11.9482	0.2732	1.0579	-0.1579	-1.9383	0.0833	0.5824	-0.0799	0.987	-0.3565	-0.0251	0.0444	-0.1244	0.0448	0.0496	-0.0275	14.7033	67.7356	-24.6669
7	10.2665	-0.351	-3.1333	3.0944	-0.3955	9.0137	0.0786	0.1924	0.0154	0.5833	-0.1278	0.2799	-0.7201	-0.0842	0.0492	-0.2715	-0.0641	0.0156	-0.3788	-0.0209	-0.2987	30.4553	43.6855	-12.7206
8	10.5557	-0.47	-0.3427	5.5133	-2.0244	13.6937	-0.0297	-1.1139	-0.2329	1.3744	0.679	-0.0903	-0.0991	0.6006	-0.6493	0.2218	-0.0656	0.1076	0.1145	-0.0763	0.2307	15.7053	58.6378	19.4215
9	4.3027	-4.9657	-1.9763	10.8775	4.1771	6.3277	-0.1573	-0.0688	-0.0203	0.4149	-0.07	0.6378	0.0983	0.1487	0.2273	-0.3105	-0.0152	-0.0454	-0.3199	0.0241	-0.0568	14.9253	65.6178	-13.4394
10	6.3547	1.9555	3.4184	10.2796	3.0425	12.4946	0.2056	-0.5366	-0.6322	1.4209	-0.0047	0.7541	0.837	0.7921	-0.2009	0.0434	0.077	0.0353	0.0289	0.0793	-0.0652	19.1438	85.8313	20.0536
11	5.901	3.0196	-2.4219	8.4197	-2.9299	8.0135	-0.3561	-0.2312	-0.1838	-0.0101	0.2255	0.108	0.1097	-0.3841	0.1305	-0.4318	0.0073	0.0148	-0.3435	-0.0196	-0.3649	56.9823	47.2672	-12.7944
12	13.0923	2.873	-1.4824	6.3826	-1.8287	8.4507	0.48	-1.7708	0.0887	0.8603	-0.2016	-0.5853	-0.487	0.4331	-0.2784	0.2091	0.0252	-0.0354	0.2435	-0.0224	-0.1339	36.9447	41.5883	20.0638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 69	1 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	70 - 109	70 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 69	1 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	70 - 109	70 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	1 - 69	1 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	70 - 109	70 - 109
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	1 - 69	1 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	70 - 109	70 - 109
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	1 - 69	1 - 69
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	70 - 109	70 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	1 - 69	1 - 69
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	70 - 109	70 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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