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- PDB-2czs: Crystal Structure Analysis of the Diheme c-type Cytochrome DHC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2czs
タイトルCrystal Structure Analysis of the Diheme c-type Cytochrome DHC2
要素cytochrome c, putative
キーワードELECTRON TRANSPORT / Diheme / C-Type Cytochrome
機能・相同性Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 - #20 / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome superfamily / membrane => GO:0016020 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c
機能・相同性情報
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Heitmann, D. / Einsle, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of DHC2, a Novel Diheme Cytochrome c from Geobacter sulfurreducens
著者: Heitmann, D. / Einsle, O.
履歴
登録2005年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome c, putative
B: cytochrome c, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,39612
ポリマ－18,4992
非ポリマー2,89610
水2,756153
1
A: cytochrome c, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6986
ポリマ－9,2501
非ポリマー1,4485
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: cytochrome c, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6986
ポリマ－9,2501
非ポリマー1,4485
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: cytochrome c, putative
ヘテロ分子

B: cytochrome c, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,39612
ポリマ－18,4992
非ポリマー2,89610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.645, 55.679, 39.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 cytochrome c, putative / DHC2


分子量: 9249.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: PCA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pEC86 / 参照: UniProt: Q748S4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9941, 1.7394, 1.7414
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.99411
21.73941
31.74141
反射解像度: 1.5→38.12 Å / Num. obs: 26375

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→38.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 2.043 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27237 1198 4.9 %RANDOM
Rwork0.22147 ---
obs0.22399 23298 91.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20.2 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 194 153 1465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221369
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5812.3581901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9735137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.31222.90955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.37215203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.395158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3260.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0480.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9241.5697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66321124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3683722
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.584.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 76 -
Rwork0.306 1543 -
obs--81.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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