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万見
- PDB-2cu2: Crystal structure of mannose-1-phosphate geranyltransferase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cu2
タイトルCrystal structure of mannose-1-phosphate geranyltransferase from Thermus thermophilus HB8
要素putative mannose-1-phosphate guanylyl transferase
キーワードTRANSFERASE / mannose-1-phosphate geranyltransferase / Thermus thermophilus HB8 / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GTP) activity / GDP-mannose biosynthetic process / isomerase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / MannoseP isomerase/GMP-like beta-helix domain / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannose-1-phosphate guanylyl transferase (GDP)/mannose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sugahara, M. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mannose-1-phosphate geranyltransferase from Thermus thermophilus HB8
著者: Sugahara, M. / Kunishima, N.
履歴
登録2005年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative mannose-1-phosphate guanylyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6803
ポリマ－37,4881
非ポリマー1922
水4,197233
1
A: putative mannose-1-phosphate guanylyl transferase
ヘテロ分子

A: putative mannose-1-phosphate guanylyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3606
ポリマ－74,9762
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)84.128, 91.185, 118.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1164-

HOH

21A-1220-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit by the operations: -x+1, y, -z+1.

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要素

#1: タンパク質 putative mannose-1-phosphate guanylyl transferase / mannose-1-phosphate geranyltransferase


分子量: 37487.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SHI0, mannose-1-phosphate guanylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: lithium sulphate, pH 8.5, microbatch , temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B111
シンクロトロンSPring-8 BL26B120.97904
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2004年10月5日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2005年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979041
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 23487 / Num. obs: 23487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 39.749 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2307 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→37.98 Å / Isotropic thermal model: Anisotrop / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1176 -RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.219 23487 --
obs0.219 23487 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.83 Å20 Å20 Å2
2--4.29 Å20 Å2
3----1.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2627 0 10 233 2870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.7
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.028
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 97 -
Rwork0.258 --
obs-2185 99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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