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万見
- PDB-2cpg: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cpg
タイトルTRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
要素TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
キーワードGENE REGULATION / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / DNA-BINDING PROTEIN / PLASMID
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Gomis-Rueth, F.X. / Sola, M. / Acebo, P. / Parraga, A. / Guasch, A. / Eritja, R. / Gonzalez, A. / Espinosa, M. / del Solar, G. / Coll, M.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: The structure of plasmid-encoded transcriptional repressor CopG unliganded and bound to its operator.
著者: Gomis-Ruth, F.X. / Sola, M. / Acebo, P. / Parraga, A. / Guasch, A. / Eritja, R. / Gonzalez, A. / Espinosa, M. / del Solar, G. / Coll, M.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: Overexpression, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Pmv158-Encoded Plasmid Transcriptional Repressor Protein Copg
著者: Gomis-Rueth, F.X. / Sola, M. / Perez-Luque, R. / Acebo, P. / Alda, M.T. / Gonzalez, A. / Espinosa, M. / del Solar, G. / Coll, M.
履歴
登録1999年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
C: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5636
ポリマ－15,4563
非ポリマー1063
水3,495194
1
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3754
ポリマ－10,3042
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area5600 Å2
手法PISA
2
C: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
ヘテロ分子

C: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3754
ポリマ－10,3042
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)67.190, 102.490, 40.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-47-

HOH

21A-48-

HOH

31C-47-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.787024, 0.562355, -0.253674), (0.567706, -0.821116, -0.058975), (-0.241461, -0.097597, -0.96549)-14.06171, 66.94317, 52.00411
2given(0.27167, 0.939943, 0.206648), (-0.936007, 0.307992, -0.170386), (-0.223799, -0.147135, 0.963465)72.26735, 4.70603, 11.38816
詳細THE SMALLEST FUNCTIONAL UNIT IS A HOMODIMER. IN THE PRESENT STRUCTURE, ONE A PROTOMER AND ONE B PROTOMER ESTABLISH SUCH AN INTERACTION. THE THIRD MOLECULE PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT, MOLECULE C, ESTABLISHES ANOTHER HOMODIMER STRUCTURE WITH A SYMMETRY EQUIVALENT C MOLECULE.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG / REPA PROTEIN


分子量: 5152.106 Da / 分子数: 3 / 断片: DNA-BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
株: PLS1 / 細胞内の位置: plasmid pMV158 / プラスミド: PMV158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13920
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 6.7 / 詳細: 72% MPD, 0.1 M HEPES PH 6.7, 3% BENZAMIDINE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1BENZAMIDINE11
2MPD11
3MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Gomis-Rueth, F.X., (1998) FEBS Lett., 425, 161.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113-16 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
3275 mM1reservoirNaCl
40.5 mM1reservoirNaN3

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X311
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1IMAGE PLATE
2IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.61 Å / Num. obs: 91693 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
Num. obs: 18358 / Num. measured all: 91693 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→8 Å / Num. parameters: 4861 / Num. restraintsaints: 4018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 -14 %EVERY 7TH REFLECTION
obs0.2017 16782 --
all-16782 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1016 0 3 194 1213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 14 % / Rfactor Rwork: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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