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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cmk | ||||||
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タイトル | CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE IN COMPLEX WITH CYTIDINE-DI-PHOSPHATE | ||||||
![]() | PROTEIN (CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NUCLEOTIDE MONOPHOSPHATE KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() (d)CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / (d)CMP kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / guanosine tetraphosphate binding / response to X-ray / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Golinelli-Pimpaneau, B. / Briozzo, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of escherichia coli CMP kinase alone and in complex with CDP: a new fold of the nucleoside monophosphate binding domain and insights into cytosine nucleotide specificity. 著者: Briozzo, P. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Gilles, A.M. / Gaucher, J.F. / Burlacu-Miron, S. / Sakamoto, H. / Janin, J. / Barzu, O. #1: ![]() タイトル: The Cmk Gene Encoding Cytidine Monophosphate Kinase is Located in the rspA Operon and is Required for Normal Replication Rate in Escherichia Coli 著者: Fricke, J. / Neuhard, J. / Kelln, R.A. / Pedersen, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24778.334 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CDP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月7日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→10 Å / Num. obs: 17252 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.6 % / Rsym value: 5 / Net I/σ(I): 25.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 42.5 / % possible all: 95.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 286435 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.9 % / Rmerge(I) obs: 0.425 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NON LIGATED CMPK 解像度: 2→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 0 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 36.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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