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- PDB-2cm9: The complement inhibitor OmCI in complex with ricinoleic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cm9
タイトルThe complement inhibitor OmCI in complex with ricinoleic acid
要素COMPLEMENT INHIBITOR
キーワードINHIBITOR / ORNITHODOROS MOUBATA / C5 / TICK / OMCI / LIPOCALIN / COMPLEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RICINOLEIC ACID / Complement inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種ORNITHODOROS MOUBATA (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roversi, P. / Johnson, S. / Lissina, O. / Paesen, G.C. / Boland, W. / Nunn, M.A. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Structure of Omci, a Novel Lipocalin Inhibitor of the Complement System.
著者: Roversi, P. / Lissina, O. / Johnson, S. / Ahmat, N. / Paesen, G.C. / Ploss, K. / Boland, W. / Nunn, M.A. / Lea, S.M.
履歴
登録2006年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1903
ポリマ－16,8331
非ポリマー3582
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.090, 54.000, 55.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 COMPLEMENT INHIBITOR / OMCI


分子量: 16832.639 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DOUBLE MUTATION TO PREVENT THE YEAST EXPRESSION SYSTEM TO INTRODUCE GLYCOSYLATION
由来: (組換発現) ORNITHODOROS MOUBATA (ダニ) / 発現宿主: PICHIA METHANOLICA (菌類) / 株 (発現宿主): PMAD11 / 参照: UniProt: Q5YD59
#2: 化合物 ChemComp-RCL / RICINOLEIC ACID / (R)-12-ヒドロキシ-9-オクタデセン酸


分子量: 298.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細NO SIGNAL TAG 1-18 IN THIS CONSTRUCT MUTATIONS N78Q, N102Q

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
解説: AMORE WAS RUN ON THE CASPAR SERVER AT WWW.IGS.CNRS- MRS.FR SLASH CASPR2
結晶化pH: 4.6
詳細: 30% PEG 4000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6 0.2 M AMMONIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97923
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→38.5 Å / Num. obs: 58577 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 2.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5.6.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QFT

1qft


解像度: 2.3→25 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
詳細: TNT WAS RUN AGAINST MAXIMUM LIKELIHOOD IN BUSTER-TNT VERSION 1.3.0
Rfactor反射数
Rwork0.197 -
all0.197 -
obs0.197 6289
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 48 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1145 0 25 44 1214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00311982
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.62516073
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle12.561
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.004412
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0151685
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.977119920
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.064135
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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