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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ckp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human Choline Kinase alpha-2 in complex with ADP | ||||||
要素 | CHOLINE KINASE ALPHA | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / KINASE / CHOLINE KINASE / PHOSPHATYDILCHOLINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Malito, E. / Lavie, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Elucidation of Human Choline Kinase Crystal Structures in Complex with the Products Adp or Phosphocholine. 著者: Malito, E. / Sekulic, N. / Too, W.C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ckp.cif.gz | 133.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ckp.ent.gz | 100 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ckp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/2ckp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/2ckp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45376.262 Da / 分子数: 2 / 断片: SPLICE ISOFORM 2, RESIDUES 50-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P35790, choline kinase #2: 化合物 | ChemComp-ADP / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE DESCRIBES THE HUMAN CHOLINE KINASE ISOFORM ALFA-2, ACCORDING TO AYOAMA ET AL., 2000. ...THE SEQUENCE DESCRIBES THE HUMAN CHOLINE KINASE ISOFORM ALFA-2, ACCORDING TO AYOAMA ET AL., 2000. THE UNIPROT DATABASE DESCRIBE IT AS ALFA-1. MOREOVER, THE SEQUENCE FROM OUR CONSTRUCT LACKS THE FIRST N-TER. 49 RESIDUES. THE SEQUENCE BELOW CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.21 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.01 M MGCL2, 15% PEG 3350, 0.2M NAF, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→15 Å / Num. obs: 19759 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 20.38 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.25 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NW1 解像度: 3.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU B: 45.78 / SU ML: 0.402 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→15 Å
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拘束条件 |
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