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- PDB-2ckp: Crystal structure of Human Choline Kinase alpha-2 in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ckp
タイトルCrystal structure of Human Choline Kinase alpha-2 in complex with ADP
要素CHOLINE KINASE ALPHA
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / CHOLINE KINASE / PHOSPHATYDILCHOLINE
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / CDP-choline pathway / choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / リン酸化 / protein homodimerization activity / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Choline kinase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Malito, E. / Lavie, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Elucidation of Human Choline Kinase Crystal Structures in Complex with the Products Adp or Phosphocholine.
著者: Malito, E. / Sekulic, N. / Too, W.C. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2006年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHOLINE KINASE ALPHA
B: CHOLINE KINASE ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1803
ポリマ－90,7532
非ポリマー4271
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.271, 127.137, 158.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHOLINE KINASE ALPHA / CK / CHETK-ALPHA


分子量: 45376.262 Da / 分子数: 2 / 断片: SPLICE ISOFORM 2, RESIDUES 50-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P35790, choline kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE DESCRIBES THE HUMAN CHOLINE KINASE ISOFORM ALFA-2, ACCORDING TO AYOAMA ET AL., 2000. ...THE SEQUENCE DESCRIBES THE HUMAN CHOLINE KINASE ISOFORM ALFA-2, ACCORDING TO AYOAMA ET AL., 2000. THE UNIPROT DATABASE DESCRIBE IT AS ALFA-1. MOREOVER, THE SEQUENCE FROM OUR CONSTRUCT LACKS THE FIRST N-TER. 49 RESIDUES. THE SEQUENCE BELOW CORRESPONDS TO ISOFORM 2 OF CHOLINE KINASE (FTID: VSP_009683)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.21 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.01 M MGCL2, 15% PEG 3350, 0.2M NAF, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→15 Å / Num. obs: 19759 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 20.38
反射 シェル解像度: 3.1→3.25 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NW1

1nw1


解像度: 3.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU B: 45.78 / SU ML: 0.402 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 1990 10.2 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.263 17590 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.69 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3---2.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4626 0 27 26 4679
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9546469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6785577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00223.099213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.4415740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2211526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.22365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.23233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.330.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3610.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3791.53002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.68724641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.88532050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4814.51828
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.381 112
Rwork0.289 1178
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.664 Å / Origin y: 22.515 Å / Origin z: -29.103 Å
111213212223313233
T0.0234 Å2-0.051 Å20.0375 Å2-0.0365 Å2-0.0865 Å2--0.053 Å2
L0.716 °2-0.4392 °2-0.662 °2-0.7666 °20.8216 °2--1.3246 °2
S-0.0217 Å °0.4049 Å °-0.2242 Å °-0.1514 Å °-0.0349 Å °-0.0182 Å °0.1419 Å °-0.2764 Å °0.0565 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A87 - 209
2X-RAY DIFFRACTION1A210 - 457
3X-RAY DIFFRACTION1B85 - 209
4X-RAY DIFFRACTION1B210 - 457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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