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- PDB-2cju: Crystal structure of the TEPC15-Vk45.1 anti-2-phenyl-5-oxazolone ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cju
タイトルCrystal structure of the TEPC15-Vk45.1 anti-2-phenyl-5-oxazolone NQ16- 113.8 scFv in complex with phOxGABA
要素(NQ16-113.8 ANTI-PHOX ANTIBODY) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / SCFV (単鎖可変領域フラグメント) / ANTIBODY (抗体) / IMMUNOGLOBULIN (抗体) / 2-PHENYL-5-OXAZOLONE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PHX / Ig heavy chain V region M603
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Scotti, C. / Gherardi, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis of Affinity Maturation of the Tepc15/V(Kappa)45.1 Anti-2-Phenyl-5-Oxazolone Antibodies.
著者: Scotti, C. / Gherardi, E.
履歴
登録2006年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns_shell / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: NQ16-113.8 ANTI-PHOX ANTIBODY
L: NQ16-113.8 ANTI-PHOX ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0893
ポリマ－25,8152
非ポリマー2741
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.970, 74.190, 134.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-2003-

HOH

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要素

#1: 抗体 NQ16-113.8 ANTI-PHOX ANTIBODY


分子量: 13390.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 解説: NQ16/113.8 ANTI-2-PHENYL-5-OXAZOLONE HYBRIDOMA / Cell: HYBRIDOMA / プラスミド: PPIC9KE / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P01789*PLUS
#2: 抗体 NQ16-113.8 ANTI-PHOX ANTIBODY


分子量: 12423.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 解説: NQ16/113.8 ANTI-2-PHENYL-5-OXAZOLONE HYBRIDOMA / Cell: HYBRIDOMA / プラスミド: PPIC9KE / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115
#3: 化合物 ChemComp-PHX / 4-{[(Z)-(5-OXO-2-PHENYL-1,3-OXAZOL-4(5H)-YLIDENE)METHYL]AMINO}BUTANOIC ACID


分子量: 274.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.4, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 37% PEG 8K, 6% SUCROSE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 17246 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FLR

1flr


解像度: 2.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1470440 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 433 5 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 9094 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.7 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1820 0 20 26 1866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.74
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.069 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 40 4.9 %
Rwork0.322 811 -
obs--92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2GABA170603.PARAMGABA170603.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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