PDB-2cjp: Structure of potato (Solanum tuberosum) epoxide hydrolase I (StEH1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cjp

タイトル

Structure of potato (Solanum tuberosum) epoxide hydrolase I (StEH1)

要素

EPOXIDE HYDROLASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

soluble epoxide hydrolase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Mowbray, S.L. / Elfstrom, L.T. / Ahlgren, K.M. / Andersson, C.E. / Widersten, M.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: X-Ray Structure of Potato Epoxide Hydrolase Sheds Light on Substrate Specificity in Plant Enzymes.
著者: Mowbray, S.L. / Elfstrom, L.T. / Ahlgren, K.M. / Andersson, C.E. / Widersten, M.

履歴

登録	2006年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cjp.cif.gz	146.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cjp.ent.gz	115 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cjp_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cjp_full_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示
XML形式データ	2cjp_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	2cjp_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/2cjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/2cjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vj5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ufo-1 4ufp-2 3cxu-1 4uhb-1 1qz3-d 4y9s-1 4ufn-1 1zgi-d 4ufn-2 2zfq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EPOXIDE HYDROLASE

B: EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.926, 98.532, 122.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.7035, 0.6653, -0.2501), (0.691, -0.5578, 0.4598), (0.1664, -0.4963, -0.8521)
ベクター: -19.8967, 106.9727, 85.4732)

#1: タンパク質	EPOXIDE HYDROLASE 分子量: 37155.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ) / 株: LEMHI RUSSET / プラスミド: PGTACSTEH1-5H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q41415, epoxide hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-VPR / 2-PROPYLPENTANAMIDE / VALPROMIDE / バルプロミド分子量: 143.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 UL DROPS OF PROTEIN SOLUTION (7.2 MG/ML, I.E. 0.2 MM, IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5 MM VALPROMIDE) WERE MIXED WITH 1 UL DROPS OF RESERVOIR SOLUTION (CONTAINING 90 MM NA-HEPES, PH 7.5, 25% ...詳細: 1 UL DROPS OF PROTEIN SOLUTION (7.2 MG/ML, I.E. 0.2 MM, IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5 MM VALPROMIDE) WERE MIXED WITH 1 UL DROPS OF RESERVOIR SOLUTION (CONTAINING 90 MM NA-HEPES, PH 7.5, 25% PEG 10, 000), AND EQUILIBRATED BY SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE.

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 UL DROPS OF PROTEIN SOLUTION (7.2 MG/ML, I.E. 0.2 MM, IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5 MM VALPROMIDE) WERE MIXED WITH 1 UL DROPS OF RESERVOIR SOLUTION (CONTAINING 90 MM NA-HEPES, PH 7.5, 25% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→31.6 Å / Num. obs: 49514 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VJ5

1vj5

解像度: 1.95→31.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.577 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 1 OF THE A CHAIN, AND 2-3 OF THE B CHAIN WERE OMITTED BECAUSE OF DISORDER. THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH AN ADDITIONAL SEQUENCE AT ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	2510	5.1 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.205	47002	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5115	0	27	405	5547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.064	1.953	7202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.248	5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.025	23.833	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.822	15	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.744	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.144	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.475	1.5	3276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.823	2	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.957	3	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.512	4.5	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.299	178
R_work	0.286	3369

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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