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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cjp | ||||||
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タイトル | Structure of potato (Solanum tuberosum) epoxide hydrolase I (StEH1) | ||||||
要素 | EPOXIDE HYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Mowbray, S.L. / Elfstrom, L.T. / Ahlgren, K.M. / Andersson, C.E. / Widersten, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006 タイトル: X-Ray Structure of Potato Epoxide Hydrolase Sheds Light on Substrate Specificity in Plant Enzymes. 著者: Mowbray, S.L. / Elfstrom, L.T. / Ahlgren, K.M. / Andersson, C.E. / Widersten, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cjp.cif.gz | 146.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cjp.ent.gz | 115 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cjp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/2cjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/2cjp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1vj5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.7035, 0.6653, -0.2501), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37155.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ) / 株: LEMHI RUSSET / プラスミド: PGTACSTEH1-5H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q41415, epoxide hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #3: 化合物 | ChemComp-VPR / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 UL DROPS OF PROTEIN SOLUTION (7.2 MG/ML, I.E. 0.2 MM, IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5 MM VALPROMIDE) WERE MIXED WITH 1 UL DROPS OF RESERVOIR SOLUTION (CONTAINING 90 MM NA-HEPES, PH 7.5, 25% ...詳細: 1 UL DROPS OF PROTEIN SOLUTION (7.2 MG/ML, I.E. 0.2 MM, IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5 MM VALPROMIDE) WERE MIXED WITH 1 UL DROPS OF RESERVOIR SOLUTION (CONTAINING 90 MM NA-HEPES, PH 7.5, 25% PEG 10, 000), AND EQUILIBRATED BY SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→31.6 Å / Num. obs: 49514 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 30.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1VJ5 解像度: 1.95→31.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.577 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 1 OF THE A CHAIN, AND 2-3 OF THE B CHAIN WERE OMITTED BECAUSE OF DISORDER. THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH AN ADDITIONAL SEQUENCE AT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 1 OF THE A CHAIN, AND 2-3 OF THE B CHAIN WERE OMITTED BECAUSE OF DISORDER. THE PROTEIN WAS EXPRESSED WITH AN ADDITIONAL SEQUENCE AT THE C-TERMINUS, TSHHHHH, WHICH WAS ALSO NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.6 Å
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拘束条件 |
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