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万見
- PDB-2chq: Replication Factor C ADPNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2chq
タイトルReplication Factor C ADPNP complex
要素REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / DNA REPLICATION / CLAMP LOADER / AAA+ ATPASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Rad17 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / DNA-templated DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Replication factor C small subunit, archaeal / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Replication factor C small subunit, archaeal / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Replication factor C small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Seybert, A. / Singleton, M.R. / Cook, N. / Hall, D.R. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Communication between Subunits within an Archaeal Clamp-Loader Complex.
著者: Seybert, A. / Singleton, M.R. / Cook, N. / Hall, D.R. / Wigley, D.B.
履歴
登録2006年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
B: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
C: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6376
ポリマ－108,1193
非ポリマー1,5193
水00
1
A: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
B: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
C: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子

A: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
B: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
C: REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,27512
ポリマ－216,2376
非ポリマー3,0376
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.169, 109.169, 257.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C
14A
24B
34C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEVALVAL1AA6 - 1616 - 161
21ILEILEVALVAL1BB6 - 1616 - 161
31ILEILEVALVAL1CC6 - 1616 - 161
12PROPROALAALA1AA162 - 224162 - 224
22PROPROALAALA1BB162 - 224162 - 224
32PROPROALAALA1CC162 - 224162 - 224
13ARGARGLYSLYS1AA227 - 318227 - 318
23ARGARGLYSLYS1BB227 - 318227 - 318
33ARGARGLYSLYS1CC227 - 318227 - 318
14ANPANPANPANP4AD700
24ANPANPANPANP4BE700
34ANPANPANPANP4CF700

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質 REPLICATION FACTOR C SMALL SUBUNIT / REPLICATION FACTOR C / RFC SMALL SUBUNIT / CLAMP LOADER SMALL SUBUNIT / AFRFC SMALL SUBUNIT / AFRFCSM


分子量: 36039.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O28219
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.52 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 23090 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3.5→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 97.45 / SU ML: 0.688 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.68
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 1175 5.1 %RANDOM
Rwork0.297 ---
obs0.299 21754 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 204.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.84 Å22.42 Å20 Å2
2--4.84 Å20 Å2
3----7.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7419 0 93 0 7512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.99710308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1555936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81323.739345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.646151413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2491569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2910.23958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.25283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.390.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0281.54772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.51327515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.82533166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.694.52793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1250tight positional0.050.05
12B1250tight positional0.040.05
13C1250tight positional0.040.05
21A474tight positional0.060.05
22B474tight positional0.060.05
23C474tight positional0.060.05
31A737tight positional0.060.05
32B737tight positional0.070.05
33C737tight positional0.060.05
41A31medium positional0.420.5
42B31medium positional0.340.5
43C31medium positional0.340.5
11A1250tight thermal0.070.5
12B1250tight thermal0.080.5
13C1250tight thermal0.080.5
21A474tight thermal0.150.5
22B474tight thermal0.130.5
23C474tight thermal0.120.5
31A737tight thermal0.160.5
32B737tight thermal0.140.5
33C737tight thermal0.130.5
41A31medium thermal0.792
42B31medium thermal0.772
43C31medium thermal0.512
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.369 77
Rwork0.395 1571
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.57492.71863.95533.48070.32544.64850.4616-0.625-2.64830.4917-0.098-0.65030.94740.5237-0.3636-0.76090.2567-0.0517-0.55190.1487-0.143185.136525.78975.9064
25.8404-3.90544.89833.44950.421320.41580.7799-0.9399-0.449-0.7732-0.27711.58890.5325-1.1315-0.5028-1.07360.1838-0.0301-0.37560.0634-0.3333105.947945.390574.7914
31.1072-0.8445-1.89031.2611.91423.5890.00090.15680.0279-0.1898-0.09420.19010.2669-0.51520.0933-1.1404-0.0272-0.028-0.37810.0291-0.608394.371562.611757.291
41.87660.1448-0.92584.54596.827415.39720.3736-0.2664-0.93480.7565-0.54110.58022.9684-0.94220.1675-0.66080.0126-0.0384-0.67170.105-0.193954.076220.301461.6482
512.8148-0.4203-6.35051.0002-1.16725.0651-0.02320.6877-0.4689-0.24670.3250.02420.23-0.4938-0.3017-1.1324-0.0122-0.0768-0.33020.2105-0.45762.308738.366682.6359
63.1214-1.21-1.11750.4690.43320.40010.35880.215-0.0789-0.59960.00850.1766-0.3786-0.3024-0.3672-1.0325-0.02140.0368-0.52950.0288-0.578374.014957.354667.9763
76.8867-4.33221.642619.99911.48825.051-0.15730.6306-1.4268-0.80380.03421.95310.787-0.77880.1231-0.6557-0.2886-0.0687-0.99580.0164-0.175846.702714.206627.1788
815.4388-5.07635.94678.4472-10.16212.2271-0.33460.4062-1.5892-0.8945-0.3009-0.01530.96530.46980.6355-1.32190.04060.017-0.4965-0.0172-0.28236.743737.494241.5522
92.3448-0.70622.59240.2127-0.78072.866-0.19280.93060.3475-0.30420.2129-0.31050.18230.2096-0.02-1.13850.0674-0.0007-0.42640.0433-0.500357.477752.864251.542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2A162 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3A227 - 318
4X-RAY DIFFRACTION4B6 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5B162 - 224
6X-RAY DIFFRACTION6B227 - 318
7X-RAY DIFFRACTION7C6 - 161
8X-RAY DIFFRACTION8C162 - 224
9X-RAY DIFFRACTION9C227 - 318

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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