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- PDB-2chm: Crystal structure of N2 substituted pyrazolo pyrimidinones - a fl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2chm
タイトルCrystal structure of N2 substituted pyrazolo pyrimidinones - a flipped binding mode in PDE5
要素CGMP-SPECIFIC 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE, CAMP-SPECIFIC 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 4B
キーワードHYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE 5 / INHIBITOR / CHIMERA / ALLOSTERIC ENZYME / ALTERNATIVE SPLICING / CGMP / CGMP-BINDING / MAGNESIUM / METAL-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHORYLATION / ZINC / CAMP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of cardiac muscle contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / oocyte development / neutrophil homeostasis ...negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of cardiac muscle contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / oocyte development / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / excitatory synapse / DARPP-32 events / calcium channel regulator activity / cGMP binding / Smooth Muscle Contraction / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / cAMP binding / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / cAMP-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / Z disc / positive regulation of type II interferon production / cellular response to xenobiotic stimulus / synaptic vesicle / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / transmembrane transporter binding / dendritic spine / postsynaptic density / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3P4 / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Allerton, C.M.N. / Barber, C.G. / Beaumont, K.C. / Brown, D.G. / Cole, S.M. / Ellis, D. / Lane, C.A.L. / Maw, G.N. / Mount, N.M. / Rawson, D.J. ...Allerton, C.M.N. / Barber, C.G. / Beaumont, K.C. / Brown, D.G. / Cole, S.M. / Ellis, D. / Lane, C.A.L. / Maw, G.N. / Mount, N.M. / Rawson, D.J. / Robinson, C.M. / Street, S.D.A. / Summerhill, N.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: A Novel Series of Potent and Selective Pde5 Inhibitors with Potential for High and Dose-Independent Oral Bioavailability
著者: Allerton, C.M.N. / Barber, C.G. / Beaumont, K.C. / Brown, D.G. / Cole, S.M. / Ellis, D. / Lane, C.A.L. / Maw, G.N. / Mount, N.M. / Rawson, D.J. / Robinson, C.M. / Street, S.D.A. / Summerhill, N.W.
履歴
登録2006年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月27日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CGMP-SPECIFIC 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE, CAMP-SPECIFIC 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3335
ポリマ－37,6101
非ポリマー7224
水9,278515
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.836, 76.656, 81.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CGMP-SPECIFIC 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE, CAMP-SPECIFIC 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 4B / 3' / 5' CGMP-CYCLIC PHOPHODIESTERASE 5A CATALYTIC DOMAIN CHIMERA / CGB-PDE / CGMP-BINDING CGMP- ...3' / 5' CGMP-CYCLIC PHOPHODIESTERASE 5A CATALYTIC DOMAIN CHIMERA / CGB-PDE / CGMP-BINDING CGMP-SPECIFIC PHOSPHODIESTERASE / DPDE4 / PDE32


分子量: 37610.211 Da / 分子数: 1
断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES (RESIDUES 534-858 WITH SUBDOMAIN REPLACED WITH PDE4 SUBDOMAIN)
由来タイプ: 組換発現
詳細: 5-(5-ACETYL-2-BUTOXY-3-PYRIDINYL)-3-ETHYL-2 -(1-ETHYL-3-AZETIDINYL)-2,6-DIHYDRO-7H-PYRAZOLO (4,3-D) PYRIMIDIN-7-ONE
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: FASTBAC / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O76074, UniProt: Q07343, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 5種, 519分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-3P4 / 5-[2-(BUT-3-EN-1-YLOXY)-5-(1-HYDROXYVINYL)PYRIDIN-3-YL]-3-ETHYL-2-(1-ETHYLAZETIDIN-3-YL)-1,2,6,7A-TETRAHYDRO-7H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7-ONE / 5-(5-ACETYL-2-BUTOXY-3-PYRIDINYL)-3-ETHYL-2-(1-ETHYL-3-AZETIDINYL)-2,6-DIHYDRO-7H-PYRAZOLO (4,3-D) PYRIMIDIN-7-ONE


分子量: 437.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H29N6O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE CHIMERA HAS NEAR IDENTICAL ENZYME ACTIVITY AS WILD TYPE RECOMBINANT PDE5 CATALYTIC DOMAIN
配列の詳細NOTE SUBDOMAIN CHIMERA DELETED PDE5A RESIDUES 657-681 AND INSERTED RESIDUES 657-681A FROM PDE4B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 30% PEG 2KMME, 0.1M MES PH6.5, 50MM AMMONIUM SULPHATE, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月31日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 41016 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / % possible all: 64.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FROM PATENT

解像度: 1.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2234 2052 4.7 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs-40971 --
溶媒の処理Bsol: 43.796 Å2 / ksol: 0.352264 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.048 Å20 Å2-0.089 Å2
2--0.109 Å20 Å2
3----0.061 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2611 0 46 515 3172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.634
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X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
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X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5427387.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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