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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cdu | |||||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Water-forming NAD(P)H Oxidase from Lactobacillus sanfranciscensis | |||||||||
要素 | NADPH OXIDASE | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NAD(P)H OXIDASE / FLAVOENZYME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | LACTOBACILLUS SANFRANCISCENSIS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Lountos, G.T. / Jiang, R. / Wellborn, W.B. / Thaler, T.L. / Bommarius, A.S. / Orville, A.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: The Crystal Structure of Nad(P)H Oxidase from Lactobacillus Sanfranciscensis: Insights Into the Conversion of O(2) Into Two Water Molecules by the Flavoenzyme. 著者: Lountos, G.T. / Jiang, R. / Wellborn, W.B. / Thaler, T.L. / Bommarius, A.S. / Orville, A.M. #1: ジャーナル: Acta Crsytallogr, Sect D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and Preliminary Analysis of a Water-Forming Nadh Oxidase from Lactobacillus Sanfranciscensis 著者: Lountos, G.T. / Riebel, B.R. / Wellborn, W.B. / Bommarius, A.S. / Orville, A.M. #2: ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2003 タイトル: Cofactor Regeneration of Both Nad from Nadh and Nadp from Nadph: Nadh Oxidase from Lactobacillus Sanfranciscensis 著者: Riebel, B.R. / Gibbs, P.R. / Wellborn, W.B. / Bommarius, A.S. #3: ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2002 タイトル: Cofactor Regeneration of Nad from Nadh: Novel Water-Forming Nadh Oxidases 著者: Riebel, B.R. / Gibbs, P.R. / Wellborn, W.B. / Bommarius, A.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cdu.cif.gz | 202.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cdu.ent.gz | 161.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cdu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2cdu_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2cdu_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2cdu_validation.xml.gz | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2cdu_validation.cif.gz | 62.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/2cdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/2cdu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1f8wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49720.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) LACTOBACILLUS SANFRANCISCENSIS (バクテリア) プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q9F1X5, 酸化還元酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 100MM HEPES PH 7.0, 18% W/V PEG 4000, 8% V/V 2-PROPANOL, 20 MM DITHIOTHREITOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9997 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9997 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→46.4 Å / Num. obs: 81507 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 73.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1F8W 解像度: 1.8→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.176 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A 452, B 450, B451, B452 WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→81.65 Å
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拘束条件 |
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