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万見
- PDB-2cdu: The Crystal Structure of Water-forming NAD(P)H Oxidase from Lacto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cdu
タイトルThe Crystal Structure of Water-forming NAD(P)H Oxidase from Lactobacillus sanfranciscensis
要素NADPH OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD(P)H OXIDASE / FLAVOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...: / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOBACILLUS SANFRANCISCENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Jiang, R. / Wellborn, W.B. / Thaler, T.L. / Bommarius, A.S. / Orville, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of Nad(P)H Oxidase from Lactobacillus Sanfranciscensis: Insights Into the Conversion of O(2) Into Two Water Molecules by the Flavoenzyme.
著者: Lountos, G.T. / Jiang, R. / Wellborn, W.B. / Thaler, T.L. / Bommarius, A.S. / Orville, A.M.
#1: ジャーナル: Acta Crsytallogr, Sect D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and Preliminary Analysis of a Water-Forming Nadh Oxidase from Lactobacillus Sanfranciscensis
著者: Lountos, G.T. / Riebel, B.R. / Wellborn, W.B. / Bommarius, A.S. / Orville, A.M.
#2: ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2003
タイトル: Cofactor Regeneration of Both Nad from Nadh and Nadp from Nadph: Nadh Oxidase from Lactobacillus Sanfranciscensis
著者: Riebel, B.R. / Gibbs, P.R. / Wellborn, W.B. / Bommarius, A.S.
#3: ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2002
タイトル: Cofactor Regeneration of Nad from Nadh: Novel Water-Forming Nadh Oxidases
著者: Riebel, B.R. / Gibbs, P.R. / Wellborn, W.B. / Bommarius, A.S.
履歴
登録2006年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02022年10月26日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy ..._atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH OXIDASE
B: NADPH OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8666
ポリマ－99,4402
非ポリマー2,4264
水12,755708
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.636, 92.644, 163.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NADPH OXIDASE


分子量: 49720.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LACTOBACILLUS SANFRANCISCENSIS (バクテリア)
プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q9F1X5, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化pH: 7
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 100MM HEPES PH 7.0, 18% W/V PEG 4000, 8% V/V 2-PROPANOL, 20 MM DITHIOTHREITOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9997
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.4 Å / Num. obs: 81507 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 73.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F8W

1f8w


解像度: 1.8→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.176 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A 452, B 450, B451, B452 WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 4054 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 77370 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6937 0 160 708 7805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227265
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.9889873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.992315000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.27964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.24275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2510.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.811.54473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49227234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37832792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9354.52639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.328 216
Rwork0.303 4188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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