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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cd8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YC-17-bound cytochrome P450 PikC (CYP107L1) | ||||||
![]() | CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / PIKC / YC-17 / MACROLIDE MONOOXYGENASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / HEME / IRON / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yermalitskaya, L.I. / Kim, Y. / Sherman, D.H. / Waterman, M.R. / Podust, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structural Basis for Substrate Anchoring, Active Site Selectivity, and Product Formation by P450 Pikc from Streptomyces Venezuelae. 著者: Sherman, D.H. / Li, S. / Yermalitskaya, L.V. / Kim, Y. / Smith, J.A. / Waterman, M.R. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99785, 0.04482, 0.04776), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48268.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET28A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FIRST 20 RESIDUES INCLUDING 6X HIS-TAG AND THROMBIN CLEAVAGE SITE ARE FROM THE CLONING VECTOR PET28A | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M MGCL2, 0.5 MM DTT, 1 MM YC-17, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 78149 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BVJ 解像度: 1.7→39.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 153672.18 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE OMITTED FROM THE STRUCTURE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.4233 Å2 / ksol: 0.372924 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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