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- PDB-2cd8: Crystal structure of YC-17-bound cytochrome P450 PikC (CYP107L1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cd8
タイトルCrystal structure of YC-17-bound cytochrome P450 PikC (CYP107L1)
要素CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / PIKC / YC-17 / MACROLIDE MONOOXYGENASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / HEME / IRON / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-PXI / Cytochrome P450 monooxygenase PikC
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yermalitskaya, L.I. / Kim, Y. / Sherman, D.H. / Waterman, M.R. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Structural Basis for Substrate Anchoring, Active Site Selectivity, and Product Formation by P450 Pikc from Streptomyces Venezuelae.
著者: Sherman, D.H. / Li, S. / Yermalitskaya, L.V. / Kim, Y. / Smith, J.A. / Waterman, M.R. / Podust, L.M.
履歴
登録2006年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
B: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6786
ポリマ－96,5372
非ポリマー2,1404
水4,594255
1
A: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3393
ポリマ－48,2691
非ポリマー1,0702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3393
ポリマ－48,2691
非ポリマー1,0702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.401, 92.102, 67.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99785, 0.04482, 0.04776), (-0.04344, -0.99862, 0.02958), (0.04902, 0.02744, 0.99842)
ベクター: 28.02234, -21.37904, -38.80744)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE / CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC / CYTOCHROME P450 PIKC CYP107L1


分子量: 48268.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: O87605
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PXI / 4-{[4-(DIMETHYLAMINO)-3-HYDROXY-6-METHYLTETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY}-12-ETHYL-3,5,7,11-TETRAMETHYLOXACYCLODODEC-9-ENE-2,8-DIONE


分子量: 453.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H43NO6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST 20 RESIDUES INCLUDING 6X HIS-TAG AND THROMBIN CLEAVAGE SITE ARE FROM THE CLONING VECTOR PET28A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M MGCL2, 0.5 MM DTT, 1 MM YC-17, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 78149 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BVJ

2bvj


解像度: 1.7→39.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 153672.18 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE OMITTED FROM THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.333 7136 10 %RANDOM
Rwork0.29 ---
obs0.29 71229 90.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.4233 Å2 / ksol: 0.372924 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2---4.13 Å20 Å2
3---4.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6051 0 150 255 6456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.352.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 913 9.8 %
Rwork0.302 8371 -
obs--71.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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