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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cd6 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Refinement of RNase P P4 stemloop structure using residual dipolar coupling data, C70U mutant cobalt(III) hexammine complex | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() NUCLEIC ACID / C70U MUTANT / COBALT (III HEXAMMINE COMPLEX / METAL BINDING SITE / METAL COMPLEX / P4 STEM / RIBONUCLEASE P / RIBONUCLEIC ACID / RIBOZYME / TRANSFER RNA PROCESSING | 機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | 溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS | Model type details | MINIMIZED AVERAGE | ![]() Schmitz, M. | 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8634.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTATION CYTOSINE 70 URACIL / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NCO / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE CORRESPONDS TO NUCLEOTIDES 66 TO 73, AND 354 TO 360 OF THE E. COLI RNASE P RNA, WITH ...THE SEQUENCE CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 1H-15N HSCQ |
NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING CONSTRAINTS FROM HOMONUCLEAR NMR EXPERIMENTS AS DESCRIBED IN ENTRY 17F9, AND ADDITIONAL RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS FOR IMINO RESONANCES AQCUIRED WITH AND ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING CONSTRAINTS FROM HOMONUCLEAR NMR EXPERIMENTS AS DESCRIBED IN ENTRY 17F9, AND ADDITIONAL RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS FOR IMINO RESONANCES AQCUIRED WITH AND WITHOUT 30 MG PER ML PF1 PHAGE PRESENT IN SOLUTION |
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試料調製
詳細 | 内容: 90% WATER/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 288.0 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 詳細: DETAILS OF THE REFINEMENT PROCEDURE AGAINST RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS ARE GIVEN IN THE PRIMARY CITATION ABOVE | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |