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- PDB-2cb9: Crystal structure of the thioesterase domain of the fengycin bios... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cb9
タイトルCrystal structure of the thioesterase domain of the fengycin biosynthesis cluster
要素FENGYCIN SYNTHETASE
キーワードHYDROLASE / THIOESTERASE / NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHESIS / ALPHA/BETA-HYDROLASES / CATALYTIC TRIADE
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / catalytic activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A - #10 / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / AMP-binding / Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain ...cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A - #10 / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / AMP-binding / Thioesterase / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Helix non-globular / Special / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Fengycin synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Samel, S. / Marahiel, M.A. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Thioesterase Domain of the Fengycin Biosynthesis Cluster: A Structural Base for the Macrocyclization of a Non-Ribosomal Lipopeptide
著者: Samel, S. / Wagner, B. / Marahiel, M.A. / Essen, L.-O.
履歴
登録2006年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FENGYCIN SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5832
ポリマ－27,5231
非ポリマー601
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.354, 72.354, 96.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 FENGYCIN SYNTHETASE


分子量: 27522.734 Da / 分子数: 1 / 断片: THIOESTERASE DOMAIN RESIDUES 1043-1274 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RECOMBINANT FRAGMENT OF THE NRPS SYNTHETASE FENB (Q1043-H1274)
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: F29-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / Variant (発現宿主): PREP4 / 参照: UniProt: Q45563
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.2 M NH4 ACETATE; 0.1 M NA CITRATE (PH 5.6); 22.5 % PEG 8000, 10 MG/ML PROTEIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月1日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→24 Å / Num. obs: 26374 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JMK

1jmk


解像度: 1.8→24.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.862 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES T123-S129 WERE DISORDERED AND OMITTED FROM THE STRUCTURAL MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 1337 5.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.152 24923 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20.35 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1675 0 4 353 2032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211711
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.9422307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83933520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.845210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.21802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2987
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3070.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2790.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1311.51048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08921667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.153663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1974.5640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.334 81
Rwork0.26 1682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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